Zakładając spółkę z o.o. sp.k. z wykorzystaniem już istniejącej spółki z o.o. (poprzez jej przekształcenie) należy rozważyć kwestie podatkowe, związane z przeprowadzeniem takiej operacji. Zgodnie z art. 24 ust. 5 pkt 8 ustawy o PIT (odpowiednio art. 10 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT), dochodem (przychodem) z udziału w zyskach osób prawnych jest dochód (przychód) faktycznie uzyskany z tego udziału, w tym także wartość niepodzielonych zysków w spółce oraz wartość zysku przekazanego na kapitały inne niż kapitał zakładowy w spółce przekształcanej (tj. spółce z o.o.). Płatnikiem podatku od dochodu z udziału w zyskach osób prawnych jest przekształcona spółka (spółka komandytowa). Przychód powstaje na dzień przekształcenia. Jednak płatnik nie dysponuje wynagrodzeniem, od którego mógłby potrącić podatek. Dlatego wspólnik (podatnik) zobowiązany jest przekazać płatnikowi kwotę tego podatku przed terminem jego wpłaty przez płatnika na rachunek właściwego urzędu skarbowego (art. 41 ust. 4c i ust. 8 ustawy o PIT; art. 26 ust. 6 ustawy o CIT).
Zgodnie z art. 1 ust. 3 pkt 3 ustawy o PCC opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych podlega przekształcenie spółek, jeżeli jego wynikiem jest zwiększenie majątku spółki osobowej. Zwolnione od tego podatku są natomiast umowy spółki i ich zmiany związane z przekształceniem spółek w części wkładów do spółki, których wartość była uprzednio opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych lub podatkiem od wkładów kapitałowych do spółek kapitałowych na terytorium państwa członkowskiego innego niż Polska albo od których zgodnie z prawem państwa członkowskiego podatek nie był naliczany (art. 9 pkt 11 lit. a ustawy o PCC). Potwierdza to orzecznictwo sądów administracyjnych, np. wyrok WSA w Warszawie z 7 maja 2013 r. (III SA/Wa 3159/12), wyrok WSA w Gliwicach z 8 stycznia 2014 r. (I SA/Gl 949/13), wyrok WSA w Krakowie z 26 marca 2014 r. (I SA/Kr 194/14).
Dla ustalenia, czy zmiana umowy spółki, polegająca na przekształceniu spółki z o.o. w spółkę komandytową, podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych, niezbędna jest ocena, czy w wyniku tej zmiany doszło do zwiększenia majątku spółki osobowej, pochodzącego z wkładów wspólników, a nie tylko jej kapitału zakładowego. Jeżeli zatem w wyniku przekształcenia spółki z o.o. w spółkę komandytową nie będzie dochodziło do zwiększenia majątku spółki osobowej, to czynność ta nie będzie podlegała opodatkowaniu PCC. Natomiast różnica między wartością majątku wniesionego do spółki komandytowej a wysokością opodatkowanego uprzednio kapitału zakładowego spółki z o.o. podlega opodatkowaniu 0,5-proc. stawką podatku od czynności cywilnoprawnych.