Sprawa dotyczyła remontu kościoła parafialnego. We wniosku o interpretację parafia wyjaśniła, że na realizację inwestycji otrzymała pomoc z działania „Odnowa i rozwój wsi", objętego Programem Rozwoju Obszarów Wiejskich na lata 2007–2013.
Realizując inwestycję, nabyła usługę remontową udokumentowaną fakturą. Parafia nie jest jednak czynnym podatnikiem VAT. Nie prowadzi też żadnej działalności gospodarczej.
Zapytała jednak, czy może w jakiś sposób odzyskać VAT związany z inwestycją (odliczenie podatku, ewentualnie zwrot). Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy odpowiedział, że takiej możliwości nie widzi. Przypomniał, że prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje tylko czynnym podatnikom VAT, gdy dokonywane zakupy mają związek z czynnościami opodatkowanymi. Odliczyć zatem można podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika, tzn. takimi, których następstwem jest określenie podatku należnego.
W ocenie fiskusa zakupy poczynione przez parafię w związku z realizowaną inwestycją nie będą służyły do wykonywania czynności opodatkowanych. Dlatego nie będzie ona miała prawa do odliczenia VAT. Nie ma też podstaw do jego zwrotu.