Tak orzekł WSA w Bydgoszczy w wyroku z 6 sierpnia 2013 r. (I SA/Bd 394/13).
Naczelnik urzędu skarbowego określił podatnikowi wysokość zobowiązania podatkowego w VAT za poszczególne miesiące 2008 r. W uzasadnieniu decyzji wskazał, że podatnik odliczył podatek naliczony z faktur, które nie dokumentowały rzeczywistych transakcji gospodarczych. Organ uznał też, że podatnik nieprawidłowo określał moment powstania obowiązku podatkowego z tytułu świadczenia usług transportowych. Rozliczał VAT wtedy, kiedy wystawiał fakturę, a więc niezgodnie z art. 19 ust. 13 pkt 2 ustawy o VAT. Izba skarbowa, do której wniesiono odwołanie od przedmiotowej decyzji, utrzymała ją w mocy. W skardze do WSA w Bydgoszczy podatnik podniósł, że nie wiedział, iż bierze udział w działaniach, które polegały na nadużyciach podatkowych, a do dostaw paliwa rzeczywiście doszło. Jego zdaniem zostały spełnione wszystkie przesłanki do odliczenia podatku naliczonego. Podatnik wskazał też, że organy niezasadnie zakwestionowały przyjęcie przez podatnika momentu powstania obowiązku podatkowego z tytułu świadczonych przez niego usług transportowych.
Sąd uchylił decyzję w części dotyczącej określenia momentu powstania obowiązku podatkowego, natomiast w pozostałym zakresie przyznał rację organom podatkowym i oddalił skargę. Powołując się na orzeczenie Trybunału Sprawiedliwości UE z 16 maja 2013 r. (C-169/12) WSA wskazał, że art. 66 Dyrektywy 2006/112 pozwala uznać za moment powstania obowiązku podatkowego: moment wystawienia faktury, moment otrzymania zapłaty lub – w razie braku albo wystawienia faktury z opóźnieniem – inny termin. Z kolei zgodnie z unormowaniem prawa krajowego, podatek od wartości dodanej w odniesieniu do usług transportowych i spedycyjnych staje się wymagalny w momencie otrzymania całości lub części zapłaty, lecz nie później niż po upływie 30 dni od dnia świadczenia usługi, nawet jeżeli faktura została wystawiona wcześniej i przewiduje późniejszy termin zapłaty.
—Piotr Wysocki, współpracownik Zespołu Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte
Katarzyna Zembrzuska, konsultant w Deloitte Doradztwo Podatkowe Sp. z o.o. (biuro w Warszawie)
WSA w Bydgoszczy trafnie uznał, że obowiązujące przepisy ustawy o VAT dotyczące momentu powstania obowiązku podatkowego z tytułu świadczonych usług transportowych stanowią przejaw błędnej implementacji postanowień Dyrektywy VAT. Przepisy w tym zakresie zmienią się co prawda od 1 stycznia 2014 r. i w przypadku usług transportowych obowiązywać będzie zasada ogólna powstawania obowiązku podatkowego. Przepisom dotyczącym wymagalności VAT na przykład przy świadczeniu usług budowlanych, budowlano-montażowych, najmu, dzierżawy bądź telekomunikacyjnych, a także dostawy energii elektrycznej, cieplnej lub chłodniczej, nadal jednak będzie można postawić zarzut niezgodności z prawem unijnym.