Kontrolę krzyżową można przeprowadzić „w związku z prowadzonym postępowaniem podatkowym lub kontrolą podatkową”. Tak więc weryfikacja dokumentów musi być poprzedzona wszczęciem kontroli bądź postępowania. Ponadto sprawdzić można tylko kontrahenta wykonującego działalność gospodarczą. Te ograniczenia wynikają z art. 274c § 1 ordynacji podatkowej.
Niewinne sprawdzanie dokumentów może przerodzić się w kontrolę podatkową. Daje ona większe możliwości prześwietlenia podatnika. Potwierdza to wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 27 marca 2003 r. (I SA/ Łd 1849/2001), w którym czytamy: „Tego rodzaju kontrola nie wyklucza możliwości przeprowadzenia u podatnika następnej kontroli (podatkowej czy skarbowej), mającej na celu kompleksowe zbadanie prawidłowości obliczania i wpłacania podatku za dany okres, a następnie wydania decyzji dotyczącej określenia wysokości zobowiązania podatkowego i zaległości podatkowej; właśnie spostrzeżenia poczynione w czasie takiej fragmentarycznej kontroli mogą być sygnałem dla organów podatkowych i organów kontroli skarbowej do przeprowadzenia pełnej kontroli działalności podatnika”.
Oczywiście nie musi tak być w sytuacji przedstawionej przez czytelnika. Tym bardziej że, jak sam twierdzi, faktury odzwierciedlają faktyczne transakcje. Skoro więc wykonał usługi, wystawił za nie faktury i odprowadził od nich podatek (dochodowy oraz VAT), to nie ma powodów, żeby korygować swoje rozliczenia.
Jeśli jednak okazało się, że czytelnik popełnił błędy w rozliczeniu, powinien je poprawić. Sama kontrola krzyżowa nie wyklucza bowiem skorygowania deklaracji. Ograniczenia dotyczą tylko firm, wobec których toczy się kontrola podatkowa lub postępowanie podatkowe. Jak stwierdził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi (wyrok z 13 kwietnia 2004 r., I SA/Łd 620/03), czynności sprawdzające nie są tożsame z kontrolą podatkową, nie są więc przeszkodą do korekty deklaracji.
Kontrola krzyżowa to tylko sygnał, że urząd ma wątpliwości co do rozliczeń naszego kontrahenta. Nie oznacza od razu, że musimy poprawiać swoje dokumenty. Jeśli więc wszystko jest w porządku (usługi zostały faktycznie wykonane, a cena odzwierciedla ich wartość), czytelnik nie powinien korygować faktur i deklaracji. Tym bardziej że byłoby to działanie na niekorzyść fiskusa (zmniejszyłby bowiem swój obrót) i mogłoby spowodować kontrolę podatkową. Co innego, gdy faktury są fikcyjne. Mimo że podatek dochodowy i VAT zostały zapłacone, czytelnik może ponieść odpowiedzialność karną skarbową. Kara grozi bowiem nie tylko za zaniżanie zobowiązań wobec Skarbu Państwa, ale także za wystawianie nierzetelnych faktur czy prowadzenie nierzetelnej księgi. W takim wypadku podatnik powinien jak najszybciej skorygować rozliczenie i złożyć tzw. czynny żal, co pozwoli uniknąć sankcji.
