Tylko przedsiębiorcy prowadzący księgę przychodów i rozchodów oraz księgi rachunkowe nie mogą wybrać formy zwrotu nadpłaty. Urząd skarbowy przekazuje im ją zawsze na rachunek bankowy.

Nie musi to być też cała nadpłata. Zgodnie bowiem z ogólną regułą nadpłaty są przede wszystkim zaliczane z urzędu, automatycznie, na zaległe i bieżące podatki obciążające danego podatnika wraz z odsetkami za zwłokę. Takie automatyczne zaliczenie dotyczy w praktyce osób, które w ciągu roku same obliczają i wpłacają zaliczki na podatek, przede wszystkim więc przedsiębiorców.

Pozostali mogą liczyć na zwrot całej nadpłaty. Mają też wybór co do formy zwrotu i urząd powinien ten wybór respektować.

Forma zwrotu nie jest obojętna. Nic nie kosztuje nas przekazanie nadpłaty na nasze konto bankowe. Koszt tego przelewu obciąża urząd skarbowy. Inaczej może być w wypadku zwrotu w gotówce. Przepisy nie określają bliżej tego sposobu zwrotu. Nadpłata może być wysłana przekazem pocztowym bądź wypłacona bezpośrednio w kasie urzędu skarbowego. Kwotę przesyłaną przekazem pomniejsza się o opłatę pocztową. W wypadku większych nadpłat może nas to sporo kosztować.

O wybranej formie zwrotu informujemy urząd skarbowy w części H. PIT-37, poz. 123 „Inne informacje, w tym ułatwiające kontakt z podatnikiem”.

Tam też możemy podać numer swojego telefonu, faksu, adres e-mail (nie jest to obowiązkowe).

Przedstawione zasady dotyczą także zeznania obejmującego tzw. zyski kapitałowe oraz straty na inwestycjach giełdowych, składanego do końca kwietnia na PIT-38. Ponieważ jednak w trakcie roku podatkowego nie płaci się zaliczek na podatek od tych dochodów i nie dokonuje się w PIT-38 żadnych odliczeń poza odliczeniem strat z roku lub lat poprzednich (oraz przekazaniem 1 proc. podatku na działalność pożytku publicznego), zwrot podatku nie wchodzi w praktyce w rachubę.

Wyjątkowo tylko w kasie podatnik może odebrać nadpłatę w kwocie nieprzekraczającej wysokości kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym. Koszt tego upomnienia zaś to czterokrotność opłaty dodatkowej pobieranej przez Pocztę Polską za polecenie przesyłki listowej (obecnie 2,20 zł x 4= 8,80 zł).