Powód to zmiana treści art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT. Do końca 2007 r. odliczenie VAT od transakcji nieopodatkowanych lub zwolnionych było niemożliwe, jeśli kwota wykazana na fakturze nie była uregulowana. Końcowa część przepisu została od początku tego roku wykreślona. W rezultacie odliczenie jest niemożliwe niezależnie od tego, czy fakturę zapłacono, czy nie. Dla przedsiębiorców oznacza to tyle, że płacąc za fakturę dotyczącą np. premii pieniężnej, szkolenia czy kary umownej (mimo że wszystkie te transakcje nie powinny być objęte VAT), muszą liczyć się z możliwością zakwestionowania odliczenia podatku przez urząd skarbowy.
Niektórzy doradcy i eksperci podatkowi twierdzą, że faktury, które nie dokumentują sprzedaży opodatkowanej VAT, nie powinny stanowić podstawy do odliczenia niezależnie od tego, czy zakup był związany ze sprzedażą opodatkowaną, czy nie. W podatkach jednak każda restrykcja musi mieć swoje bezpośrednie umocowanie w przepisach. Tymczasem wydaje się, że mimo treści art. 88 ust. 3a pkt 2 takiego przepisu brak. A to oznacza, że w wypadku sporu z fiskusem podatnik odliczający VAT z faktury dokumentującej czynności niepodlegające opodatkowaniu lub zwolnione nie jest na z góry przegranej pozycji.
Poprzednikiem art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT był § 14 ust. 2 pkt 2 rozporządzenia z 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług. Zgodnie z nim faktury dokumentujące czynności niepodlegające opodatkowaniu lub zwolnione od podatku nie stanowiły podstawy do odliczenia wynikającego z nich podatku naliczonego. Od 1 czerwca 2005 r. przepis ten przeniesiono do ustawy o VAT (w nieco zmienionym brzemieniu) jako art. 88 ust. 3a pkt 2.
Wcześniej taki sam przepis zawierały rozporządzenia z 22 marca 2002 r. oraz z 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Co do tego ostatniego Trybunał Konstytucyjny stwierdził w wyroku z 21 czerwca 2004 r. (SK-22/03), że jego przepis w zakresie, w jakim pozbawia prawa do obniżenia podatku należnego podatnika VAT nabywającego towar czy usługę od podmiotu, który wystawił fakturę wraz z kwotą podatku, gdy dana sprzedaż nie była objęta obowiązkiem podatkowym albo była zwolniona od podatku, a kwota wykazana w fakturze została zapłacona, jest niezgodny z konstytucją. Wydaje się, że dotyczy to też analogicznych przepisów rozporządzeń z 2002 i 2004 r. Ich też nie można stosować. Inne podejście powodowałoby, że minister finansów po zakwestionowaniu konkretnego przepisu mógłby w to miejsce swobodnie przywrócić taką samą regulację w drodze innego rozporządzenia. To, że wyrok TK ma wpływ na późniejsze przepisy, potwierdził m.in. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z 12 stycznia 2004 r. (I SA/Wr 4352/02).
Skoro przepisy rozporządzeń nie były aż do 2005 r. częścią wiążącego porządku prawnego, trzeba zapytać, czy ich przeniesienie do ustawy o VAT było skuteczne. Można twierdzić, że było ono właściwe. Trzeba jednak pamiętać, że w myśl VI dyrektywy, która obowiązywała w chwili przystąpienia Polski do UE, nasz kraj mógł utrzymać wyłącznie te odstępstwa od jej regulacji i dodatkowe restrykcje w zakresie odliczenia podatku naliczonego, które były częścią porządku prawnego na dzień akcesji (czyli 1 maja 2004 r.). Nie mogliśmy jednak wprowadzać nowych ograniczeń. Potwierdzają to wyroki Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (m.in. z 8 stycznia 2002 r., C-409/99, oraz z 14 czerwca 2002 r., C-40/00). Wynika to również z wyroków polskich sądów (np. WSA we Wrocławiu z 4 kwietnia 2007r., I SA/Wr 1852/06).
