Spółka będąca podwykonawcą części inwestycji realizowanej ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej przyjęła, że gdy bezpośredni beneficjent zleca jej wykonanie danego etapu, wynagrodzenie objęte tą umową korzysta ze zwolnienia z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy. Na podstawie tego przepisu wolne od podatku są dochody uzyskane odpodmiotów zagranicznych, pochodzące ze środków bezzwrotnej pomocy, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi podmiotami. Zdaniem spółki ratio legis przemawia za tym, aby ze zwolnienia korzystały wszystkie podmioty, które brały udział w realizacji danego programu.
Organy podatkowe nie zgodziły się z tym. Opierając się na wykładni językowej uznały, że aby skorzystać ze zwolnienia, podatnik musi jednocześnie spełniać dwa warunki. Po pierwsze powinien uzyskać środki od wskazanego w przepisie podmiotu zagranicznego bezpośrednio lub za pośrednictwem upoważnionego do ich rozdzielania podmiotu krajowego. Po drugie muszą to być środki określone w tym przepisie, będące bezzwrotną pomocą zagraniczną na rzecz jej beneficjenta. Aby skorzystać ze zwolnienia, nie wystarczy tylko wykazać pochodzenie danych środków. Istotny jest również sposób ich uzyskiwania.
Sąd podzielił pogląd organów podatkowych. Z art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o CIT wynika - zdaniem sądu - że niedopuszczalne jest rozszerzanie kręgu podmiotów korzystających ze zwolnienia podatkowego na uzyskujących środki zagraniczne w sposób pośredni - będących konsumentami czy partycypującymi w zagospodarowaniu środków zagranicznych.
Poprzednie brzmienie art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o CIT (obowiązujące do 31 grudnia 2000 r.), zwalniającego z podatku dochody pochodzące ze środków bezzwrotnej pomocy, budziło sporo kontrowersji. Minister finansów wydał na podstawie tego przepisu dwie różne interpretacje. W piśmie z 28 października 1997 r. (PD 4/AK-802-636/97) odmówił podwykonawcy zwolnienia, uznając, że zapłata, jaką otrzymuje za wykonaną przez siebie pracę, pochodzi od podmiotu polskiego (a nie podmiotów wymienionych w przepisie). W piśmie z 23 lutego 1998 r. (PO 4/AK-802-79/1/98) uznał natomiast, że aby podwykonawca mógł korzystać z tego zwolnienia, musi wykazać, że jego praca służy realizacji celu pomocy, ale zapłata za wykonanie tych prac pochodzi ze środków pomocowych, tj. rachunku dysponenta, beneficjenta, bezpośredniego wykonawcy, na którym ulokowane są wyłącznie środki pomocowe.
Nowelizacja art. 17 ust. 1 pkt 23 doprecyzowała, że zwolnienie dotyczy także dochodów przekazanych beneficjentowi przez podmiot do tego upoważniony. Stosując literalną wykładnię, organy podatkowe i sądy są zgodne co do tego, że krąg bezpośrednich beneficjentów zwolnienia z CIT jest zawężony do wykonawców danej inwestycji (zob. np. wyrok WSA w Warszawie z 11 lipca br., III SA/Wa 782/07, omawiany w DF z 20 sierpnia br.).
Warto jednak przyjrzeć się celowi przyznawania środków bezzwrotnej pomocy. Jest on zwykle wskazany w aktach UE, które kreują poszczególne fundusze, i to na realizacji tego celu powinien skupić się ustawodawca. W praktyce gospodarczej podwykonawstwo jest normalnym sposobem realizacji inwestycji i takie "delegowanie" poszczególnych etapów finansowanych we wskazany sposób przedsięwzięć nie powinno wpływać na możliwość zwolnienia dochodów z CIT. Jest to jednak postulat de lege ferenda. Po zmianie przepisów w tym kierunku zastosowanie mógłby znaleźć sposób rozliczenia podwykonawcy, wskazany w piśmie MF z 1998 r.