W grudniu 2016 r. naczelnik urzędu skarbowego określił spółce zobowiązanie w CIT za 2014 r. oraz odsetki za zwłokę od nieuregulowanych w terminie płatności zaliczek. Fiskus uznał, że spółka nie ewidencjonowała przychodu w rzeczywistych kwotach oraz zawyżyła koszty uzyskania przychodu. Konkretnie chodziło o wydatki na zakup paliwa do czterech aut.
Czytaj także: Dokumenty VAT mogą być przechowywane w formie elektronicznej
Główną osią sporu okazała się dokumentacja. Podczas kontroli spółka kilkakrotnie była wzywana do przedłożenia dokumentów źródłowych, akt, ksiąg, ewidencji środków trwałych i ewidencji wyposażenia, dokumentacji związanej z zatrudnieniem pracowników i innych umów przez nią zawartych. Początkowo jej pełnomocnik odpowiedział, że dokumenty związane z jej działalnością przechowywane są w biurze rachunkowym, a prezes zarządu przekazał dwa segregatory dokumentów (głównie faktury zakupu i sprzedaży).
Fiskus dalej badał działalność podatniczki, i wystąpił m.in. do jej kontrahentów. Dokumentów nadal jednak brakowało, więc spółka znów została wezwana do ich dosłania. Tym razem prezes spółki odpowiedział, że dostarczenie dokumentacji podatkowej jest niemożliwe z powodu jej zaginięcia. Po wydaniu decyzji spółka poinformowała o kradzieży dokumentacji księgowo-handlowej. W odwołaniu pełnomocnik spółki poinformował o powiadomieniu prokuratury o uzasadnionym podejrzeniu popełnienia przestępstwa.
Te tłumaczenia nie przekonały urzędników. Zaznaczyli, że zmieniały się one na każdym etapie prowadzonego postępowania. Z powodu braku pełnej dokumentacji i analizy dowodów księgowych, fiskus swoje rozstrzygnięcia oparł na poszczególnych dokumentach z wykorzystaniem wzorcowego planu kont oraz złożonych deklaracji VAT-7 za badane okresy.