Dla przedsiębiorców nie jest jednak jasne, czy mogą stać się beneficjentami programów NCBR, a jeśli tak, to na jakich zasadach. Jedna z podstawowych wątpliwości dotyczy tego, czy przedsiębiorca prowadzi działalność, która z formalnego punktu widzenia może zostać zakwalifikowana jako badania przemysłowe i eksperymentalne prace rozwojowe i czy w związku z tym, przedsiębiorca może ubiegać się o środki w NCBR.
Jednocześnie dla przedsiębiorcy trudne do zidentyfikowania są ryzyka prawne związane ze współpracą z uczelniami wyższymi, instytutami badawczymi, czy instytutami PAN. Ryzyka te mogą wiązać się np. z kwestią ochrony prawnej oraz praw do wyników badań naukowych i prac rozwojowych, których komercjalizacją przedsiębiorca może być zainteresowany.