Wielu podatników, powołując się na przepisy wspólnotowe, wystąpiło o zwrot podatku od czynności cywilnoprawnych od aportu przedsiębiorstwa. Sądy administracyjne podjęły zawieszone postępowania. Wracają one na wokandę po wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z 16 lutego (sprawa Pak-Holdco, sygn. C-372/10).
Jednakże stan faktyczny, na gruncie którego Trybunał wydał ten wyrok, był zupełnie inny – dotyczył podwyższenia kapitału zakładowego na skutek wniesienia udziałów. Ocenie podlegały więc inne przepisy wspólnotowe niż te, które mają zastosowanie do aportu przedsiębiorstwa.
W sprawie rozpatrzonej przez Trybunał spółka Pak-Holdco powoływała się na art. 7 ust. 1 lit. bb dyrektywy Rady (nr 69/335/EWG) dodany dyrektywą 73/79. Przepis ten miał charakter fakultatywny. Tymczasem w sprawach aportu przedsiębiorstwa formalną podstawą prawną do żądania nadpłaty jest art. 7 ust. 1 lit. b dyrektywy sprzed nowelizacji, który miał charakter obligatoryjny. Stosowanie tego przepisu było więc obowiązkowe bez względu na regulacje państw członkowskich.
Mocą dyrektywy 73/80 wszystkie państwa UE były zobowiązane do opodatkowania 1 lipca 1984 r. operacji określonych w art. 7 ust. 1 lit. b stawką nie wyższą niż 0,5 proc. Dyrektywa 85/303 nakazała obowiązkowo zwolnić z podatku kapitałowego wszystkie operacje opodatkowane stawką 0,5 proc. lub niższą. W związku z tym należy przyjąć, że zwolnieniu podlegają operacje określone w art. 7 ust. 1 lit. b bez względu na to, czy i w jakiej wysokości były one opodatkowane w danym kraju. Inaczej mówiąc, operacje, o których mowa w art. 7 ust. 1 lit. b, podlegają zwolnieniu mocą dyrektywy 69/335.
Sam Trybunał w orzeczeniu w sprawie Pak-Holdco stwierdził, że jest ono zgodne ze stanowiskiem przedstawionym w jego wyroku w sprawie C-397/07 (Komisja przeciwko Hiszpanii). A zatem interpretowanie spornych przepisów jedynie przez pryzmat literalnego brzmienia sentencji wyroku dotyczącego Pak-Holdco kłóciłoby się ze stanowiskiem Trybunału w tej sprawie przedstawionym we wcześniejszych wyrokach.
