Rok podatkowy zazwyczaj pokrywa się z kalendarzowym. Przedsiębiorcy mogą jednak przyjąć inny okres rozliczeniowy, np. od 1 maja do końca kwietnia. Muszą wprowadzić stosowny zapis w umowie spółki oraz najpóźniej 30 dni od zakończenia ostatniego roku podatkowego powiadomić o zmianie urząd skarbowy.
Art. 8 ustawy o CIT, który reguluje te kwestie, nie przewiduje innych warunków. Według art. 255 § 1 kodeksu spółek handlowych, zmiana umowy spółki wymaga jednak uchwały wspólników i wpisu do rejestru.
Okazuje się, że dla organów podatkowych decydujące znaczenie ma termin, w jakim sąd rejestrowy dokonuje wpisu zmiany umowy spółki. Jeśli wpis do KRS nastąpił np. w styczniu 2012 r., to spółka nie może stosować nowych zasad w tym roku. Zmiana umowy jest skuteczna dopiero od początku 2013 r. Potwierdza to m.in. interpretacja ministra finansów (sygn. DD5/8213/9/ DZQ/09/PK-1324/08) oraz Izby Skarbowej w Warszawie (sygn. IPPB5/423-57/11-4/MB).
W praktyce może to być przyczyną wielu problemów. Przekonał się o tym przedsiębiorca, który przejął dwie spółki mające rok podatkowy zgodny z kalendarzowym. Chciał, by zgodnie z zasadami panującymi w pozostałych spółkach grupy, rok podatkowy rozpoczynał się w nich 1 września i kończył 31 sierpnia. Dla pierwszej sąd zarejestrował zmianę w grudniu 2011 r. Jej nowy rok podatkowy rozpoczął się 1 stycznia 2012 r. i będzie trwał do 31 sierpnia 2013 r.
W przypadku drugiej spółki konieczne było uzupełnienie wniosku, a wpis do KRS nastąpił dopiero w styczniu 2012 r. Nie wiadomo teraz, czy tej spółce udało się zmienić rok.
