Świadczenia na rzecz związków zawodowych nie powinny więc być opodatkowane VAT, bo jest to czynność związana z przedsiębiorstwem. Z tego samego powodu wydatki powinny być zaliczone do kosztów. Orzecznictwo sądowe jest jednak niejednolite.
Funkcjonowanie związków zawodowych pracowników jest jedną z konsekwencji prowadzenia działalności gospodarczej przez duże przedsiębiorstwa. Praktycznie w każdej większej firmie związki działają i pracodawcy mają wobec nich określone obowiązki. Wynikają one z ustawy o związkach zawodowych. Zgodnie z art. 33 tej ustawy pracodawca, na określonych warunkach, jest obowiązany udostępnić zakładowej organizacji związkowej pomieszczenia i urządzenia techniczne niezbędne do wykonywania działalności związkowej w zakładzie pracy. W ramach tego obowiązku firmy zwykle nieodpłatnie udostępniają pomieszczenia wraz z wyposażeniem na prowadzenie działalności statutowej związków, zapewniają łączność telefoniczną i faksową, obsługują przekazywanie składek członkowskich z wynagrodzeń pracowników, przekazują materiały biurowe itd. Mimo że obowiązek udostępnienia pomieszczeń i urządzeń technicznych wynika z przepisów, skutki podatkowe tego rodzaju działań nie są precyzyjnie uregulowane.
Czasami czynności nieodpłatne uznaje się za opodatkowane VAT. Tak jest w przypadku nieodpłatnego przekazania przez podatnika towarów na cele inne niż związane z prowadzonym przez niego przedsiębiorstwem, jeżeli przysługiwało mu prawo do obniżenia podatku należnego o naliczony (w całości lub w części). Opodatkowaniu podlega też nieodpłatne świadczenie usług, jeżeli nie są one związane z prowadzeniem przedsiębiorstwa, a podatnikowi przysługiwało prawo do odliczenia.
Ustawa o VAT operuje przesłanką „związku z prowadzeniem przedsiębiorstwa”. Mimo że budzi ona spore kontrowersje, to w przypadku świadczeń na rzecz związków zawodowych, do których obligują przepisy, związek z prowadzeniem przedsiębiorstwa jest niewątpliwy.
Potwierdza to również orzecznictwo. W wyroku z 19 grudnia 2007 r. (I SA/ Łd 906/07) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi wyraźnie stwierdził, że skoro podatnik przekazuje nieodpłatnie materiały biurowe na rzecz związków zawodowych, w wyniku realizacji między innymi obowiązków określonych w art. 33 ustawy o związkach zawodowych, to dostawa tego rodzaju ma związek z prowadzeniem przedsiębiorstwa. Nie bez znaczenia zdaniem sądu był również fakt, że działanie podatnika wymuszone było obowiązującymi przepisami, które nie dają pracodawcy żadnego wyboru. Nie może się bowiem skutecznie uchylić od realizacji obowiązku udostępnienia zakładowej organizacji związkowej urządzeń technicznych niezbędnych do wykonywania działalności związkowej w zakładzie pracy.