Zgodnie z art. 165b § 1 o.p. w przypadku ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości w wywiązywaniu się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego oraz niezłożenia przez podatnika deklaracji lub nieskorygowania jej w całości uwzględniającej ujawnione nieprawidłowości organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej.
Postępowanie podatkowe wszczęte przez organ podatkowy po przeprowadzeniu w danym zakresie kontroli podatkowej ma co do zasady na celu wydanie decyzji, w której zostanie podatnikowi określone zobowiązanie podatkowe w związku z nieprawidłowościami zidentyfikowanymi w toku kontroli. Co do zasady postępowanie podatkowe jest odrębne od kontroli, w którym zarówno organ, jak i strona postępowania mogą korzystać z inicjatywy dowodowej. Należy jednak mieć na uwadze, że organ w dużej mierze opierać się będzie na dokumentach (por. art. 181 o.p.) zgromadzonych w toku kontroli. Może jednak, prowadząc postępowanie podatkowe i gromadząc w jego toku dowody, ustalić, że stan faktyczny był inny, niż zostało to ustalone w protokole kontroli.