Zgodnie z art. 750 kodeksu cywilnego ustawodawca nakazuje stosować do umów o świadczenie usług odpowiednio przepisy o umowie zlecenia (art. 734 i nast. k.c.), jednak nie daje dyspozycji na wypadek umów mieszanych, takich jak umowy SaaS. Doktryna prawa cywilnego również nie wypracowała jednolitych wytycznych w tym zakresie. Dodatkowo korzystanie z oprogramowania jawi się zazwyczaj, jako dominujący element umów SaaS. Umowy te przede wszystkim przewidują upoważnienie przedsiębiorcy do korzystania z określonych aplikacji; tym samym podobne się stają do umów o korzystanie z praw (np. dzierżawy), a tylko w zakresie dodatkowych zobowiązań firmy informatycznej mogą być traktowane jako usługi. Z tego względu na gruncie przepisów kodeksu cywilnego trudno uznać umowy SaaS, za umowy o świadczenie usług, o których mowa w art. 750 tej ustawy. Wyjątkiem są umowy SaaS przewidujące zobowiązanie do przetwarzania lub przechowywania danych w systemach informatycznych dostawcy – z wyłączeniem bezpośredniego dostępu przedsiębiorcy do programów komputerowych (ew. wprowadzanie danych można by w takich sytuacjach uznać za formę współdziałania zamawiającego z dostawcą). Podobnie możnaby kwalifikować umowy SaaS, w których element korzystania z oprogramowania przez użytkownika występuje, lecz ma charakter uboczny w stosunku do zobowiązania dostawcy do przetwarzania/przechowywania danych lub innych usług objętych umową. Z tych względów nie ma obecnie jednolitej metody kwalifikacji umów SaaS na gruncie przepisów prawa cywilnego, co rodzi ryzyka prawne dla przedsiębiorców. Można jedynie wskazać, że o stosowaniu do umowy SaaS danych przepisów prawa, decydować będą prawa i obowiązki stron.
Wątpliwości co do klasyfikacji umów SaaS pojawiają się także na gruncie przepisów ustawy z 18 lipca 2002 r. o świadczeniu usług drogą elektroniczną (t.j. DzU z 2013 r. poz. 1422). Ustawa ta reguluje wykonywanie usług, świadczonych bez jednoczesnej obecności stron (na odległość), poprzez przekaz danych na indywidualne żądanie usługobiorcy, przesyłanych i otrzymywanych za pomocą urządzeń do elektronicznego przetwarzania, włącznie z kompresją cyfrową i przechowywania danych, które są w całości nadawane, odbierane lub transmitowane za pomocą sieci telekomunikacyjnej w rozumieniu Prawa telekomunikacyjnego. Jeżeli przyjąć, że upoważnienie do korzystania z aplikacji nie jest usługą, to do takich czynności nie będziemy stosowali przepisów wskazanej ustawy. Jednak stosowane będą odnośnie usług przechowywania danych, czy usług takich jak wsparcie użytkowników. Co do innych usług, to stosowanie przepisów wskazanej ustawy jest problematyczne o tyle, że nie wszystkie one będą świadczone z wykorzystaniem przesyłu danych na odległość (np. administrowanie systemami i aplikacjami po stronie dostawcy).
Innym przykładem problemów związanych z klasyfikacją umów SaaS są przepisy podatkowe. Wątpliwości prawne dotyczą zarówno ustawy o podatku dochodowym (czy wynagrodzenie jest w całości kosztem, czy też dochodzi w części do nabycia wartości niematerialnych i prawnych, które winny podlegać amortyzacji), jak i ustawy o podatku od towarów i usług. W tym ostatnim przypadku znowu powraca problem kwalifikacji. Ustawa ta stanowi, iż dostawą jest przeniesienie prawa do rozporządzenia towarami jak właściciel, w tym wydanie towarów na podstawie umów najmu, dzierżawy lub umów o podobnym charakterze, zaś świadczeniem usług jest każde świadczenie, które nie stanowi dostawy. Dodatkowe wątpliwości będą także dotyczyć miejsca świadczenia usług.
