Wdrożenie KSeF to prawdziwa rewolucja. Dotyczy nie tylko działu księgowości oraz IT, ale też m.in. działów sprzedaży, logistyki czy obsługi klienta. Wymusza zmiany w procesach operacyjnych, obiegu dokumentów i podziale odpowiedzialności w firmie.
Od 1 lutego 2026 r. KSeF stanie się obowiązkowy dla firm, których obroty w 2024 r. przekroczyły 200 mln zł, a dwa miesiące później także dla mniejszych przedsiębiorstw, również tych, które są zwolnione z VAT. Z wdrożeniem systemu wiąże się wiele pytań i wątpliwości, m.in. czy system dotyczy faktur od i dla kontrahentów zagranicznych, czy w KSeF jest możliwość samofakturowania, co zrobić w razie braku prądu albo internetu itp. W odniesieniu do KSeF pojawia się także problem bezpieczeństwa danych. Do centralnego systemu zacznie w przyszłym roku trafiać ogromna ilość danych podatników, ich kontrahentów i klientów. Ministerstwo Finansów zapewnia, że Krajowy System e-Faktur jest na bieżąco monitorowany, że zarówno dane w ramach KSeF, jak i komunikacja są szyfrowane, a autoryzacja w systemie jest zabezpieczona na najwyższych dostępnych poziomach. Poza tym w celu zapewnienia bezpieczeństwa obrotu gospodarczego wprowadzono konieczność posiadania określonych uprawnień do korzystania z KSeF oraz wymóg uwierzytelnienia i autoryzacji w kontekście danego przedsiębiorcy.