Nowe obowiązki dotyczące sygnalistów obejmą nie tylko przedsiębiorców, ale też jednostki samorządu terytorialnego (JST). Ustawa przewiduje dla JST podwójną rolę – organu publicznego w sprawach naruszeń prawa objętych ustawą i należących do ich właściwości, oraz podmiotu publicznego, gdy zatrudniają powyżej 50 osób wykonujących pracę zarobkową.
Pierwsza rola wiąże się z koniecznością przyjmowania zgłoszeń zewnętrznych, druga – z obowiązkiem wdrożenia procedury zgłoszeń wewnętrznych. Obowiązki te mają różny zakres i poziom szczegółowości, różnią się terminem wykonania, niejasne są też ich wzajemne relacje. Z perspektywy JST ustawa rodzi więc szereg pytań i wątpliwości praktycznych.