Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną fiskusa w sprawie rozliczenia VAT przez uniwersytet medyczny (sygnatura akt: I FSK 364/13).

Kłopoty uczelni zaczęły się po tym, jak organ kontroli skarbowej stwierdził, że w 2006 r. źle rozliczyła VAT. Podatniczka nie opodatkowała usług świadczonych na rzecz krajowych i zagranicznych podmiotów sponsorujących badania kliniczne na podstawie odpłatnych umów. Uczelnia traktowała je jako czynności zwolnione z VAT. W jej ocenie przeprowadzenie badań klinicznych jest usługą w zakresie ochrony zdrowia.

Fiskus zaś uznał, że nie spełniała warunków pozwalających na stosowanie preferencji. Tłumaczył, że rzeczywistym i bezpośrednim celem badań klinicznych jest odkrycie lub potwierdzenie skutków działania badanych produktów leczniczych i ocena ich bezpieczeństwa. Czynności wykonywane przez uczelnię nie miały na celu profilaktyki, zachowania, ratowania, przywracania i poprawy zdrowia konkretnych pacjentów. A takie są cele usług świadczonych w zakresie ochrony zdrowia.

Urząd podkreślał też, że leki bądź inne produkty medyczne mogą zostać wykorzystane w celach terapeutycznych dopiero po przeprowadzeniu badań potwierdzających ich bezpieczeństwo i skuteczność. Możliwe to będzie w bliżej nieokreślonej przyszłości i w hipotetycznej sytuacji, a nie w trakcie przeprowadzania badań klinicznych i w odniesieniu do ich uczestników. Dlatego podatniczka powinna opodatkować badania kliniczne na rzecz sponsorów zagranicznych i krajowych podstawową stawką VAT.

Spór o prawo do zwolnienia trafił na wokandę. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zgodził się z fiskusem, że istotą i celem czynności związanych z badaniami klinicznymi nie jest ochrona zdrowia. Mimo to i tak uwzględnił skargę uczelni. W ocenie WSA, skoro fiskus uznał, że usługi świadczone przez uczelnię podlegają VAT, to powinien umożliwić jej skorzystanie z prawa do odliczenia podatku. Tymczasem za podstawę określenia wysokości zobowiązań podatkowych w spornej sprawie przyjęto podatek naliczony wykazany pierwotnie przez uczelnię, bez uwzględnienia odliczenia.

Tak samo uznał NSA. Jak zauważył sędzia Artur Mudrecki, całe postępowanie powinno być prowadzone w zaufaniu do organów podatkowych. Jeżeli fiskus rozlicza dany okres podatkowy, to powinien uwzględnić nie tylko te okoliczności, które są korzystne dla niego, ale także te, które są korzystne dla podatnika, np. prawo do odliczenia.

Wyrok jest prawomocny.