Od 1 kwietnia 2009 r. wniesienie do spółki wkładu niepieniężnego (aportu) nie korzysta już ze zwolnienia z VAT. Wyjątkiem jest aport przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa, który nie podlega VAT. Wniesienie aportu powoduje jednak obowiązek podatkowy na gruncie podatku od towarów i usług wyłącznie wtedy, gdy wnoszącym wkład jest podatnik VAT działający w charakterze podatnika VAT (art. 15 ustawy VAT).
Przedmiotowo wniesienie aportu podlega VAT, jeśli przedmiotem wkładu jest dostawa podlegająca opodatkowaniu tym podatkiem, wg stawki właściwej dla danej dostawy. W sytuacji, gdy wnoszący wkład niepieniężny jest osobą fizyczną i nie jest podatnikiem VAT, to nie działa przy tej czynności w charakterze podatnika VAT i opodatkowanie nie wystąpi.
Świadczenie wzajemne o określonej kwocie
Podstawą opodatkowania VAT jest obrót, czyli kwota należna z tytułu sprzedaży (dostawy), pomniejszona o VAT (zgodnie z art. 29 ustawy VAT). W przypadku wniesienia aportu nie wystąpi kwota należna z tytułu sprzedaży, jednak można przyjąć, że świadczeniem wzajemnym spółki będzie przekazanie wspólnikowi określonej liczby udziałów o określonej wartości nominalnej.
Problem pojawi się wówczas, gdy, w ocenie organów podatkowych, istnieje rozbieżność pomiędzy wartością rynkową wnoszonego wkładu a otrzymanymi w zamian udziałami. Organy podatkowe uznają, że w takiej sytuacji podstawą opodatkowania jest określona przez organ wartość rynkowa towarów lub usług, pomniejszona o kwotę podatku.
Przykładowo, w interpretacji Izby Skarbowej w Poznaniu z 2 października 2009 r. (ILPP1/443-826/09-2/KG) czytamy, że „w przypadku dokonania czynności wniesienia do spółki prawa handlowego wkładu niepieniężnego (aportu) nie występuje kwota należna (cena) w zamian za wniesione towary, lecz formę należności stanowią udziały w spółce objęte w zamian za wniesione towary.