Kwotą podatku naliczonego (jeśli idzie o obrót krajowy) jest kwota podatku z faktury. Oczywiście określone wady faktury powodują, że nie uprawnia ona podatnika do odliczenia wynikającego z niej VAT naliczonego. Takie sytuacje zostały wymienione w art. 88 ust. 3a [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=6C0FB268B25882EB07DE187E6A8559C6?id=172827]ustawy o VAT[/link].

[srodtytul]Wada pozbawiająca prawa do odliczenia[/srodtytul]

Odpowiadając na postawione na wstępie pytanie, należałoby zastanowić się przede wszystkim nad tym, czy możliwe jest w tym wypadku uznanie, że:

- transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona z podatku – gdy na fakturze wykazano kwotę podatku wyższą od kwoty podatku należnego (art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT),

- wystawione faktury lub faktury korygujące stwierdzają czynności, które nie zostały wykonane (przy czym nie ma wówczas prawa do odliczenia w części dotyczącej tych czynności – art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT).

[srodtytul]Podatek wyższy od kwoty należnej[/srodtytul]

W tym celu należałoby przede wszystkim ocenić, czy faktura, która – według organu podatkowego (organu kontroli skarbowej) – dokumentuje czynność, dla której ustalono cenę wyższą niż wartość rynkowa świadczenia, jest fakturą wystawioną w trybie art. 108 ustawy o VAT. Regulacja ta wprowadza specyficzny obowiązek zapłaty podatku w razie wystawienia faktury.

Przypomnijmy, że zgodnie z tym przepisem gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty. Zasadę tę stosuje się odpowiednio, gdy podatnik wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku wyższą od kwoty podatku należnego.

[srodtytul]Organ nie może podważyć[/srodtytul]

Przepis ten nie wskazuje, w jaki sposób można ustalić, że kwota podatku wynikająca z faktury jest wyższa od kwoty podatku należnego, ani też nie upoważnia organów podatkowych do podjęcia czynności mających na celu takie ustalenie. Jeśli nie ma wątpliwości co do zastosowanej stawki podatkowej, to kompetencja organów podatkowych (organów kontroli skarbowej) w tym zakresie wynika tylko z art. 32 ustawy o VAT. Tylko skuteczne podważenie podstawy opodatkowania na podstawie tego przepisu pozwala na stwierdzenie, że – w następstwie zawyżenia podstawy opodatkowania – kwota podatku jest wyższa niż kwota należna.

Samo tylko stwierdzenie, że podstawa opodatkowania nie odpowiada wartości rynkowej świadczenia, nie jest przesłanką stosowania art. 108 ust. 2 ustawy o VAT i pozbawienia nabywcy prawa do odliczenia. Kwota należna nieodpowiadająca wartości rynkowej świadczenia nadal pozostaje podstawą opodatkowania (chyba że zostałaby zakwestionowana zgodnie z art. 32 ustawy o VAT).

[srodtytul]Czynność wykonana[/srodtytul]

To, że cena za czynności – które zostały wykonane – nie odpowiada wartości rynkowej tych czynności (przewyższa ich wartość rynkową), absolutnie nie jest też podstawą do uznania, że czynności te w części nie zostały wykonane. Wykonanie czynności jest stanem obiektywnym. Czynność jest wykonana, jeśli jakieś świadczenie zostało zrealizowane (towar został dostarczony, usługa wykonana). To, że zdaniem organu podatkowego (organu kontroli skarbowej) cena czynności powinna być ustalona na innym poziomie (odpowiadającym wartości rynkowej), nie oznacza, że wykonano czynność tylko w części odpowiadającej wartości rynkowej świadczenia, a w pozostałej części nie została ona wykonana. Ta okoliczność nie ma żadnego znaczenia.

Ceną czynności jest bowiem kwota należna za jej wykonanie. Kwotą należną jest natomiast kwota umówiona między stronami. Dopóki organ podatkowy (organ kontroli skarbowej) nie zakwestionuje podstawy opodatkowania – co może zrobić wyłącznie na podstawie art. 32 ustawy o VAT i tylko w okolicznościach w nim wskazanych – dopóty nie ma żadnych podstaw do kwestionowania wysokości podatku naliczonego, w szczególności poprzez dowodzenie, że wykonano tylko część czynności, gdyż cena rynkowa świadczenia stanowi tylko ułamek ceny umówionej.