Tak wynika z przepisów i przyznał to też minister finansów w piśmie z 25 kwietnia 2008 r. (odpowiedź na interpelację poselską nr 2447). Przedsiębiorca może skorygować deklarację po kontroli podatkowej prowadzonej przez urząd kontroli skarbowej. Mówi o tym art. 14c ustawy o kontroli skarbowej. Potwierdziło to Ministerstwo Finansów w piśmie z 13 lutego 2007 r. (AP13-8012/62/PZ/07/274).

Inaczej jest w przypadku kontroli prowadzonej przez urząd skarbowy. Wprawdzie aż do momentu wszczęcia postępowania podatkowego można poprawić błędy, ale z przepisów wynika, że nie dotyczy to deklaracji VAT. Chodzi o art. 81b § 3 ordynacji podatkowej, zgodnie z którym reguły „uprawnienie do skorygowania deklaracji przysługuje nadal po zakończeniu kontroli podatkowej” nie stosuje się w zakresie VAT.

Czy oznacza to, że firma, w której kontrolerzy z urzędu skarbowego sprawdzali VAT, nie może już poprawić swoich błędów za weryfikowany okres? Może to zrobić, jeśli kontrola nie stwierdziła nieprawidłowości – tak wynika z pisma Ministerstwa Finansów z 8 sierpnia 2005 r. (SP 1/618/8012-110-2024/05/EB) wydanego po zmianie zasad składania korekt. Czytamy w nim: „brak jest merytorycznego i praktycznego uzasadnienia dla uznania bezwzględnej bezskuteczności korekty deklaracji VAT w każdej sytuacji po zakończeniu kontroli podatkowej. Dodany przepis art. 81b § 3 ordynacji podatkowej miał jedynie zachować, już tylko w formie wyjątku dotyczącego podatku od towarów i usług, obecny stan prawny, a więc pozostawić podatnikom prawo do złożenia prawnie skutecznej korekty deklaracji VAT, gdy zakończona kontrola nie wykazała nieprawidłowości. Korekta deklaracji złożona w tym wypadku będzie prawnie skuteczna. Jedynie w sytuacji gdy kontrola podatkowa wykaże nieprawidłowości, a zebrany w toku kontroli materiał dowodowy będzie przyczynkiem do wszczęcia postępowania podatkowego korekta deklaracji w zakresie podatku od towarów i usług nie będzie prawnie skuteczna”.

Także w piśmie z 25 kwietnia 2008 r. minister finansów stwierdził, że ordynacja podatkowa „wyłącza prawo do skorygowania deklaracji w podatku od towarów i usług w zakresie objętym ustaleniami (oceną prawną) protokołu kontroli, które następnie mogą być przyczyną wszczęcia postępowania podatkowego”.

Tak więc z wyjaśnień ministra finansów wynika, że nie można korygować deklaracji VAT po zakończeniu kontroli urzędu skarbowego, która wykaże nieprawidłowości. Czy dotyczy to również weryfikacji prowadzonej przez urząd kontroli skarbowej? Nie, gdyż w ustawie o kontroli skarbowej nie ma ograniczeń przewidzianych w ordynacji podatkowej. Jak czytamy w wyjaśnieniach Ministerstwa Finansów z 13 lutego 2007 r.: „Art. 14c ustawy o kontroli skarbowej kompleksowo reguluje kwestię korygowania deklaracji po zakończeniu kontroli skarbowej, w tym korygowania deklaracji w zakresie podatku od towarów i usług. Oznacza to, że art. 81b § 3 ustawy Ordynacja podatkowa nie ogranicza prawa do korekty tych deklaracji po zakończeniu kontroli skarbowej, która wykazała nieprawidłowości”.

Ordynacja podatkowa nie pozwala na korektę deklaracji VAT po kontroli urzędu skarbowego, niezależnie od tego, czy stwierdziła nieprawidłowości, czy nie. Ale urząd nie może zwlekać z wszczęciem postępowania podatkowego, zawieszenie prawa do korekty nie jest bowiem nieograniczone w czasie. Takie wnioski można wyciągnąć z wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z 17 maja 2006 r. (I SA/Bd 216/06). Czytamy w nim: „z treści art. 81b ordynacji podatkowej nie wynika, ażeby brak uprawnienia do korekty VAT w okresie pomiędzy postępowaniem kontrolnym a postępowaniem podatkowym związany był ze stwierdzeniem podczas kontroli podatkowej nieprawidłowości. Przepis ten stanowi wprost o zawieszeniu prawa do korekty VAT w tym okresie, bez dodatkowych warunków. (...)

Nieuprawnione byłoby twierdzenie – oparte wyłącznie na wykładni literalnej – że zawieszenie prawa do korekty jest nieograniczone w czasie w sytuacji, gdy po zakończeniu postępowania kontrolnego organ podatkowy nie wyda decyzji. Taka interpretacja godziłaby w zasadę neutralności, charakteryzującą wspólnotowy podatek od wartości dodanej, tym samym też w podatek od towarów i usług obowiązujący w Polsce po dniu akcesji. Postępowanie podatkowe po zakończonej kontroli winno być wszczęte w czasie właściwym dla zachowania zasad procedur, którymi kierują się organy podatkowe. Czasem właściwym będzie wszczęcie postępowania niezwłocznie, w każdym razie nie później niż w dwa miesiące”.

Minister finansów próbuje swoimi wyjaśnieniami złagodzić ewidentną sprzeczność w przepisach. Wynika z nich bowiem, że korektę deklaracji VAT możemy zrobić tylko wtedy, gdy firmę sprawdza urząd kontroli skarbowej. Jeśli kontrolę prowadzi urząd skarbowy, prawo do poprawek już nie przysługuje. Minister finansów uważa natomiast, że można złożyć korektę deklaracji VAT, jeśli kontrola urzędu skarbowego nie znalazła nieprawidłowości. Jednak jego wyjaśnienia nie wiążą urzędów, nigdy więc nie wiadomo, jak się zachowają w konkretnej sytuacji. Podatnikom nie pozostaje więc nic innego, jak liczyć na racjonalne podejście fiskusa. Urząd powinien więc – aby uniknąć niepotrzebnego i kosztownego sporu – zgodzić się na korektę deklaracji nie tylko po kontroli, która nie stwierdziła błędów, ale także po takiej, która wykryła drobne nieprawidłowości.