Jednym z najważniejszych jest możliwość uczestniczenia w kontroli, i to zarówno osobiście, jak i poprzez wskazaną przez siebie osobę. Przedsiębiorca może jednak zrezygnować z uczestniczenia w czynnościach kontrolnych. Nie zawsze decyzja ta będzie opłacalna. Uczestnicząc bowiem w kontroli, mamy prawo do obrony, wytłumaczenia się, okazania odpowiednich dokumentów czy dowodów. Kontrolujący nas urzędnik jest zobowiązany do uwzględnienia naszego wniosku i, co więcej, do każdorazowego utrwalenia go w aktach sprawy. Gdy urzędnik odmówi, przedsiębiorca ma możliwość samodzielnego napisania wniosku, który urzędnik musi dołączyć do akt sprawy.
Z udziału w czynnościach kontrolnych można jednak zrezygnować. I to w każdym momencie. Oświadczenie o rezygnacji powinniśmy złożyć na piśmie. Jeśli odmówimy, kontrolujący dokona odpowiedniej adnotacji, dołączając ją do protokołu.
Kontrolowany przedsiębiorca, mimo że sam nie bierze udziału w kontroli, może ustanowić reprezentanta. Ma możliwość wyznaczenia osoby fizycznej, która będzie upoważniona do reprezentowania go w trakcie kontroli podatkowej. Z uprawnienia tego może skorzystać, sporządzając odpowiednie oświadczenie w formie pisemnej. Wybraną w ten sposób osobę zgłasza naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym, wójtowi, burmistrzowi (prezydentowi miasta). Takie zgłoszenie będzie ważne w momencie kontroli. Warto więc tego dopilnować, i to odpowiednio wcześnie. W ten sposób możemy podjąć przemyślaną decyzję i wybrać osobę, która zadba o interesy firmy, gdy nas nie będzie.
Samo wyznaczenie reprezentanta jednak nie wystarczy. Konieczna jest jeszcze współpraca podatnika z kontrolującymi go urzędnikami. Kontrolowany, osoba upoważniona do reprezentowania go lub prowadzenia jego spraw, pracownik oraz osoba współdziałająca z kontrolowanym są zobowiązani umożliwić wykonywanie czynności kontrolnych. Powinni ułatwić, nieodpłatnie, filmowanie, fotografowanie, dokonywanie nagrań dźwiękowych oraz utrwalanie stanu faktycznego za pomocą innych nośników informacji, jeżeli film, fotografia, nagranie lub informacja zapisana na innym nośniku może stanowić dowód lub przyczynić się do utrwalenia dowodu w sprawie będącej przedmiotem kontroli. Muszą także przedstawić, na żądanie kontrolującego, tłumaczenie na język polski sporządzonej w języku obcym dokumentacji dotyczącej spraw będących przedmiotem kontroli.
To niejedyne obowiązki. Kontrolowany powinien dodatkowo w wyznaczonym terminie udzielać wszelkich wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli, dostarczać kontrolującemu żądane dokumenty oraz zapewnić mu warunki do pracy, a w tym w miarę możliwości udostępnić samodzielne pomieszczenie i miejsce do przechowywania dokumentów (więcej na ten temat w artykule"Podczas kontroli urzędnicy mogą żądać wyjaśnień i wglądu w dokumenty" ).