Jednym z najważniejszych jest możliwość uczestniczenia w kontroli, i to zarówno osobiście, jak i poprzez wskazaną przez siebie osobę. Przedsiębiorca może jednak zrezygnować z uczestniczenia w czynnościach kontrolnych. Nie zawsze decyzja ta będzie opłacalna. Uczestnicząc bowiem w kontroli, mamy prawo do obrony, wytłumaczenia się, okazania odpowiednich dokumentów czy dowodów. Kontrolujący nas urzędnik jest zobowiązany do uwzględnienia naszego wniosku i, co więcej, do każdorazowego utrwalenia go w aktach sprawy. Gdy urzędnik odmówi, przedsiębiorca ma możliwość samodzielnego napisania wniosku, który urzędnik musi dołączyć do akt sprawy.

Z udziału w czynnościach kontrolnych można jednak zrezygnować. I to w każdym momencie. Oświadczenie o rezygnacji powinniśmy złożyć na piśmie. Jeśli odmówimy, kontrolujący dokona odpowiedniej adnotacji, dołączając ją do protokołu.

Kontrolowany przedsiębiorca, mimo że sam nie bierze udziału w kontroli, może ustanowić reprezentanta. Ma możliwość wyznaczenia osoby fizycznej, która będzie upoważniona do reprezentowania go w trakcie kontroli podatkowej. Z uprawnienia tego może skorzystać, sporządzając odpowiednie oświadczenie w formie pisemnej. Wybraną w ten sposób osobę zgłasza naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym, wójtowi, burmistrzowi (prezydentowi miasta). Takie zgłoszenie będzie ważne w momencie kontroli. Warto więc tego dopilnować, i to odpowiednio wcześnie. W ten sposób możemy podjąć przemyślaną decyzję i wybrać osobę, która zadba o interesy firmy, gdy nas nie będzie.

Samo wyznaczenie reprezentanta jednak nie wystarczy. Konieczna jest jeszcze współpraca podatnika z kontrolującymi go urzędnikami. Kontrolowany, osoba upoważniona do reprezentowania go lub prowadzenia jego spraw, pracownik oraz osoba współdziałająca z kontrolowanym są zobowiązani umożliwić wykonywanie czynności kontrolnych. Powinni ułatwić, nieodpłatnie, filmowanie, fotografowanie, dokonywanie nagrań dźwiękowych oraz utrwalanie stanu faktycznego za pomocą innych nośników informacji, jeżeli film, fotografia, nagranie lub informacja zapisana na innym nośniku może stanowić dowód lub przyczynić się do utrwalenia dowodu w sprawie będącej przedmiotem kontroli. Muszą także przedstawić, na żądanie kontrolującego, tłumaczenie na język polski sporządzonej w języku obcym dokumentacji dotyczącej spraw będących przedmiotem kontroli.

To niejedyne obowiązki. Kontrolowany powinien dodatkowo w wyznaczonym terminie udzielać wszelkich wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli, dostarczać kontrolującemu żądane dokumenty oraz zapewnić mu warunki do pracy, a w tym w miarę możliwości udostępnić samodzielne pomieszczenie i miejsce do przechowywania dokumentów (więcej na ten temat w artykule"Podczas kontroli urzędnicy mogą żądać wyjaśnień i wglądu w dokumenty" ).

Pracownicy przeprowadzający kontrolę mogą zajrzeć do budynku lub lokalu mieszkalnego kontrolowanego. Nie mogą jednak robić tego dowolnie. Możliwe jest to w celu dokonania oględzin, jeżeli budynek lub lokal mieszkalny wskazany został jako miejsce wykonywania działalności gospodarczej lub jako siedziba kontrolowanego przedsiębiorcy albo wtedy, gdy jest to niezbędne dla ustalenia lub określenia wysokości zobowiązania podatkowego bądź podstawy opodatkowania.

Przeprowadzenie oględzin wymaga zgody kontrolowanego przedsiębiorcy. Jeśli jej odmawia, organ podatkowy może i tak zrealizować przysługujące mu uprawnienie. Aby jednak tak się stało, musi uzyskać zgodę prokuratora rejonowego.

Kontrolujący mają prawo wstępu na teren, do budynku lub lokalu mieszkalnego kontrolowanego również w celu oględzin oraz przeszukania wtedy, gdy powzięli informację o prowadzeniu niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej. Możliwe będzie to również wtedy, gdy w lokalu mieszkalnym lub innych pomieszczeniach są przechowywane przedmioty, księgi podatkowe, akta lub inne dokumenty mogące mieć wpływ na ustalenie istnienia obowiązku podatkowego lub określenie wysokości zobowiązania podatkowego (w tym ostatnim wypadku chodzi o lokale i pomieszczenia, które nie zostały wskazane jako miejsce wykonywania działalności gospodarczej lub jako siedziba kontrolowanego). Oprócz oględzin, w tym wypadku, przewidziana jest dodatkowo możliwość przeszukania.

W trakcie kontroli przedsiębiorca oprócz obowiązków ma pewne uprawnienia. Kontrola podatkowa może być przeprowadzona na podstawie imiennego upoważnienia udzielonego przez właściwy organ określonej osobie. Upoważnienia udzielane są przez naczelnika urzędu skarbowego lub osobę zastępującą naczelnika pracownikom urzędu skarbowego albo przez naczelnika urzędu celnego lub osobę zastępującą naczelnika urzędu celnego funkcjonariuszom celnym oraz pracownikom tego urzędu. Upoważnienia może również udzielić wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta lub marszałek województwa lub osoba zastępująca wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starostę lub marszałka województwa albo skarbnika jednostki samorządu – pracownikom urzędu gminy (miasta), starostwa lub urzędu marszałkowskiego.

Wbrew pozorom ustalenie, kto i komu wystawił upoważnienie, ma istotne znaczenie dla losów całej kontroli. Źle wystawione upoważnienie może okazać się bowiem nieważne, a kontrolę przeprowadzoną na podstawie nieważnego dokumentu łatwo będzie podważyć. Dlatego warto zawsze o nie pytać i uważnie je sprawdzać.

W upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli powinno znaleźć się:

- oznaczenie organu, data i miejsce wystawienia,

- wskazanie podstawy prawnej,

- imię i nazwisko kontrolującego (kontrolujących),

- numer legitymacji służbowej kontrolującego (kontrolujących),

- oznaczenie kontrolowanego,

- określenie zakresu kontroli,

- data rozpoczęcia i przewidywany termin zakończenia kontroli,

- podpis osoby udzielającej upoważnienia, z podaniem zajmowanego stanowiska lub funkcji,

- pouczenie o prawach i obowiązkach kontrolowanego.

Urzędnik ma także możliwość podjęcia kontroli od razu tylko na podstawie legitymacji. Jest to wyjątkowa sytuacja i możliwa tylko, gdy okoliczności faktyczne uzasadniają jej niezwłoczne podjęcie. Będzie tak zwłaszcza wtedy, gdy istnieje ryzyko utraty materiału dowodowego lub uzasadnione prawdopodobieństwo popełnienia przestępstwa skarbowego czy wykroczenia skarbowego. Kontrola na legitymację może być wszczęta również w razie nieobecności przedsiębiorcy lub osoby upoważnionej do reprezentowania go. Wystarczy wtedy, że urzędnik pokaże legitymację pracownikowi przedsiębiorcy.

W obu jednak wypadkach po podjęciu kontroli na legitymację trzeba bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu trzech dni od dnia wszczęcia kontroli doręczyć upoważnienie do jej przeprowadzenia. W razie niedopełnienia tego obowiązku, w tym przekroczenia terminu, dokumenty z czynności kontrolnych nie będą dowodem w postępowaniu podatkowym.

Przebieg kontroli kontrolujący dokumentuje w protokole. Dokument ten zawiera takie dane, jak: wskazanie kontrolowanego, osób kontrolujących, określenie przedmiotu i zakresu kontroli, określenie miejsca i czasu przeprowadzenia kontroli, opis dokonanych ustaleń faktycznych, dokumentację dotyczącą przeprowadzonych dowodów, ocenę prawną sprawy, pouczenie o prawie złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz korekty deklaracji. W protokole kontroli mogą być zawarte również ustalenia dotyczące badania ksiąg co do ich rzetelności i wadliwości.

Protokół jest sporządzany w dwóch jednobrzmiących egzemplarzach. Jeden egzemplarz kontrolujący doręcza kontrolowanemu. Jeśli przedsiębiorca nie zgadza się z ustaleniami z protokołu, może w ciągu 14 dni od dnia jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia, wskazując równocześnie stosowne wnioski dowodowe.

Kontrolujący ma obowiązek rozpatrzyć zastrzeżenia podatnika i w ciągu 14 dni od dnia ich otrzymania zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia.