Trzecią grupą podatników podlegających pod duże urzędy skarbowe są podmioty posiadające powiązania kapitałowe z zagranicą. Powiązania te mogą mieć różny charakter. Ustawodawca przyjął, niestety, niejednolite kryteria skutkujące uzyskaniem statusu dużego podatnika.
W pierwszej kolejności powiązanie może polegać na bezpośrednim lub pośrednim zarządzaniu polskim rezydentem (bez sprawowania kontroli) przez zagraniczną jednostkę albo zarządzaniu lub kontroli wykonywanych przez polskiego podatnika wobec obcego podmiotu. Powiązanie może mieć też charakter kapitałowy. Nie jest jasne, dlaczego w przypadku zagranicznych udziałowców konieczne jest posiadanie co najmniej 5 proc. udziału (w przeliczeniu na prawa głosu) w polskim podmiocie, bo w sytuacji gdy to polski podatnik ma udział w kapitale obcego podmiotu, wielkość tego udziału nie ma już żadnego znaczenia. Innymi słowy nawet dysponowanie przez polskiego podatnika jedną akcją w spółce zagranicznej spowoduje, że trzeba będzie przerejestrować się do dużego urzędu skarbowego.
Treść przepisów ustawy o urzędach i izbach skarbowych pozwala twierdzić, że powiązanie kapitałowe we wspomnianych przypadkach może mieć charakter wyłącznie bezpośredni. Jest jednak i trzeci rodzaj powiązań. Występuje wtedy, gdy podmiot krajowy (duży podatnik) bierze udział bezpośrednio lub pośrednio w zarządzaniu lub kontroli albo posiada udział zarówno w polskiej, jak i zagranicznej jednostce. W tym wypadku wielkość udziału kapitałowego w podmiotach zależnych nie jest istotna, a brzmienie przepisów nie pozwala wykluczyć interpretacji, że także powiązanie pośrednie będzie tu miało znaczenie.
Dlaczego w tak zróżnicowany sposób są sformułowane warunki dotyczące powiązania podmiotów, skutkującego uzyskaniem statusu dużego podatnika, nie wiadomo. Skoro intencją ustawodawcy było zapewnienie wyspecjalizowanego nadzoru w celu przeciwdziałania transferowi dochodów, to powinien posłużyć się definicją powiązań określoną w art. 11 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (ustawa o CIT). Tymczasem teraz istnieje możliwość, że dwie firmy będą powiązane w rozumieniu przepisów ustawy o urzędach i izbach skarbowych, a będą traktowane jako niepowiązane na gruncie ustawy o CIT i odwrotnie.
Zmiana urzędu skarbowego następuje z dniem 1 stycznia roku następnego po tym, w którym miało miejsce zakwalifikowanie do jednej z kategorii podatników wskazanych w ustawie o urzędach i izbach skarbowych. Od zasady tej jest jednak wyjątek: gdy o zmianie właściwości decyduje fakt osiągnięcia przychodów w wysokości przekraczającej 5 mln euro. Kwota ta musi wynikać z zatwierdzonego sprawozdania finansowego, a tego dokonuje się z reguły w ciągu sześciu miesięcy po upływie roku obrotowego. W konsekwencji zmiana naczelnika urzędu skarbowego następuje od 1 stycznia jeszcze kolejnego roku, czyli drugiego roku następującego po roku osiągnięcia wspomnianego obrotu.
Co mają zrobić firmy rozpoczynające działalność gospodarczą? Który organ podatkowy będzie dla nich właściwy?