Do 1 stycznia 2010 r., czyli dnia, w którym zacznie obowiązywać dyrektywa określająca nowe zasady zwrotu podatku od towarów i usług podmiotom zagranicznym, Ministerstwo Finansów musi przygotować system elektroniczny, który umożliwi polskim przedsiębiorcom składanie wniosków o zwrot VAT za pośrednictwem portalu elektronicznego.
Musi też zdecydować, jak ma wyglądać nowy system w naszym kraju – czy wnioski będą składane do urzędu skarbowego właściwego dla przedsiębiorcy (według siedziby lub miejsca zamieszkania) czy też przyjmować je będą wyznaczone urzędy. Przede wszystkim jednak przygotowania wymaga aparat skarbowy. Zwłaszcza że znajomość języków obcych, bez której w tym wypadku nie będzie można się obejść, nie jest mocną stroną tych służb.
Nowa dyrektywa Rady 2008/ 9/WE z 12 lutego 2008 r., określająca szczegółowe zasady zwrotu podatku od wartości dodanej (DzUrz UE L 44/23), która zastąpi obecną VIII w sprawie zwrotu podatku od towarów i usług podmiotom zagranicznym (2006/112/WE), wprowadzi zasadnicze zmiany w zakresie zwrotów VAT.
Od 2010 r. polscy przedsiębiorcy, którzy zapłacili VAT w innym państwie UE, będą drogą elektroniczną wysyłać wnioski o jego zwrot do organów podatkowych w krajach, w których zamierzają ubiegać się o zwrot podatku zapłaconego w cenie kupionych tam towarów i usług. Robić to będą jednak za pośrednictwem organów podatkowych kraju, w którym mają siedzibę. Przykładowo firma występująca o zwrot VAT od paliwa kupionego w Niemczech stosowny wniosek prześle do urzędu skarbowego w Polsce, a ten dopiero po wstępnej jego weryfikacji przekaże go tamtejszej administracji podatkowej.
Do historii przejdą dokumenty papierowe. Zgodnie jednak z nowym unijnym prawem administracje podatkowe poszczególnych państw Wspólnoty będą mogły zażądać przesłania w formie elektronicznej kopii faktur lub dokumentów celnych jedynie wówczas, gdy kwota netto przekroczy 1 tys. euro. Wyjątkowo, chcąc zweryfikować zasadność wniosku, organ będzie mógł się domagać dostarczenia oryginałów lub kopii faktur czy dokumentów celnych. Istotnej zmianie ulegnie też procedura zwrotu VAT. Przede wszystkim fiskus będzie miał mniej czasu na rozpatrzenie wniosku zagranicznego podmiotu gospodarczego. Od jego otrzymania nie będzie mogło minąć więcej niż cztery miesiące. Jeśli urzędnicy zechcą dodatkowych dokumentów, będą musieli ich zażądać w ciągu tych czterech miesięcy. Miesiąc na odpowiedź będzie miał natomiast przedsiębiorca. W ciągu kolejnych dwóch miesięcy urząd skarbowy będzie musiał wydać decyzję o wysokości przysługującego firmie zwrotu lub jego odmowie. Co ważne, od dnia wydania tej decyzji będzie biegł dziesięciodniowy termin na przelanie pieniędzy na konto firmy.