Wynika tak z wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 29 kwietnia 2008 r. (III SA/Wa 438/08). Spór dotyczył tego, od kiedy trzeba naliczać odsetki od zaległości podatkowych. Spółka z o.o. w 2000 r. importowała towary. Zapłaciła należności celne. Urząd celny zweryfikował jednak wartość celną towarów. Naliczył na nowo VAT oraz odsetki od zaległości. Decyzje te utrzymała w mocy izba celna.
Jej zdaniem obowiązek podatkowy w imporcie towarów powstaje z chwilą powstania długu celnego, ten zaś powstaje w chwili przyjęcia zgłoszenia celnego. Podatnik jest zobowiązany do obliczenia i wykazania w zgłoszeniu celnym kwoty VAT, a jeśli wykaże ją nieprawidłowo, organ podatkowy wydaje decyzję określającą jej właściwą wielkość. Decyzja ta ma charakter deklaratoryjny. Stwierdza istnienie zobowiązania podatkowego powstającego z mocy prawa. Jest to jedynie powiadomienie importera o wysokości należnego podatku i konieczności zapłaty w określonym terminie różnicy między podatkiem należnym a zapłaconym. Zobowiązanie podatkowe istnieje od momentu, kiedy podatnik najpóźniej powinien dokonać samoobliczenia należnego VAT i jego wpłaty. Jeśli tego nie robi, powstaje zaległość podatkowa. Od takiej zaległości naliczane są odsetki za zwłokę. Powinny być one – zdaniem izby celnej – naliczane od daty powstania zobowiązania podatkowego (od kolejnego dnia po upływie terminu płatności podatku).
Innego zdania był jednak podatnik. Twierdził, że skoro termin płatności podatku wynika z decyzji, to odsetki trzeba płacić dopiero po upływie określonego w niej terminu.
Sprawa trafiła do WSA. Sąd przyznał rację podatnikowi. Stwierdził, że odsetki powinny być liczone po upływie terminu wynikającego z decyzji. Nie można obliczać ich od terminu powstania długu celnego.
Izba celna zaskarżyła ten wyrok do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Sąd przyznał jej rację i uchylił rozstrzygnięcie WSA. W wyroku z 22 listopada 2007 r. (I FSK 1343/06) NSA stwierdził, że jeśli podatnik prawidłowo obliczył i wykazał w zgłoszeniu celnym kwoty należnego podatku, a organ celny do upływu terminu płatności cła nie zakwestionował tego zgłoszenia, to podatnik powinien zapłacić podatek w terminie płatności cła. Jeśli zapłacił w tym terminie podatek w zaniżonej wielkości, to skutkuje to – w części zaniżonego zobowiązania podatkowego – powstaniem zaległości podatkowej (stosownie do art. 51 § 1 ordynacji podatkowej; dalej op). Od zaległości tej naliczane są odsetki za zwłokę. Obliczamy je – zdaniem NSA – od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku.
Jeśli zgłoszenie celne zostaje w późniejszym terminie uznane za nieprawidłowe, organ celny uruchamia tryb zmierzający do jego weryfikacji. Wydaje decyzję określającą termin płatności podatku. Różnicę między podatkiem wynikającym z decyzji urzędu celnego a podatkiem pobranym przez ten organ podatnik musi zapłacić w ciągu dziesięciu dni – licząc od dnia doręczenia decyzji. Różnica ta jest zaległością podatkową z tytułu powstałego z mocy prawa zobowiązania podatkowego, którego termin płatności w prawidłowej wysokości upłynął z terminem płatności cła. Nie jest to termin płatności podatku, o którym mowa w art. 47 § 1 op, bo ten minął z upływem ostatniego dnia, w którym wpłata podatku obliczonego przez podatnika powinna nastąpić. „Termin ten jest materialnym terminem ustawowym, którego uchybienie powoduje powstanie zaległości podatkowej (...) oraz obowiązek naliczenia odsetek za zwłokę” – czytamy w uzasadnieniu wyroku.
WSA ponownie rozpatrując sprawę, oddalił skargę spółki. Stwierdził, że w razie weryfikacji zgłoszenia celnego odsetki obliczamy od kolejnego dnia po powstaniu długu celnego. Termin wynikający z decyzji organu celnego nie jest terminem zapłaty podatku. Jest to termin techniczny, który chroni podatnika w tym sensie, że organy celne nie mogą w tym czasie wszczynać wobec niego postępowania egzekucyjnego. Nie jest to zatem nowy termin zapłaty zobowiązania podatkowego.
