Stosownie do przepisów ustawy z 23 stycznia 2004 roku o podatku akcyzowym (DzU nr 29, poz. 257 ze zm.) podmiotowi, który dostarczył wyroby akcyzowe zharmonizowane na terytorium państwa członkowskiego, od których akcyza została zapłacona na terytorium kraju, przysługuje – na wniosek podmiotu – zwrot akcyzy. Naczelnik urzędu celnego weryfikuje wniosek, uwzględniając w szczególności dokumenty towarzyszące przemieszczeniu wyrobów akcyzowych oraz dokumenty potwierdzające zapłatę akcyzy w państwach członkowskich (dalej: państwo).
Przepisy te są wyrazem dwóch podstawowych zasad opodatkowania zharmonizowaną akcyzą, tj. jednokrotności opodatkowania oraz opodatkowania w miejscu konsumpcji. Zasady te wynikają z przepisów wspólnotowych i zapewniają prawidłowe funkcjonowanie systemu zharmonizowanej akcyzy w całej Unii Europejskiej. Naruszenie jednej z nich może prowadzić do podwójnego opodatkowania, co byłoby sprzeczne z celem harmonizacji akcyzy w Unii, tj. dążeniem do utworzenia jednolitego rynku wewnętrznego m.in. poprzez przestrzeganie zasad równej konkurencji między przedsiębiorcami działającymi w różnych państwach.
Niestety, nieprecyzyjne sformułowanie szczegółowych warunków i trybu zwrotu akcyzy wynikających z rozporządzenia ministra finansów z 14 kwietnia 2004 r. (DzU nr 74, poz. 674) w połączeniu z profiskalnym podejściem urzędników prowadzi de facto do blokady zwrotów akcyzy od dostarczanych wewnątrzwspólnotowo wyrobów akcyzowych zharmonizowanych z zapłaconą akcyzą, a w praktyce do podwójnego opodatkowania takich wyrobów. Wątpliwości w zakresie interpretacji przepisów i trudności wskazywane przez organy celne piętrzą się na każdym kroku.
I tak § 2 rozporządzenia wskazuje, że w wypadku dostawy wewnątrzwspólnotowej zwrot akcyzy od wyrobów akcyzowych zharmonizowanych, zapłaconej na terytorium kraju, przysługuje podatnikowi, o którym mowa w art. 11 ustawy. Na tej podstawie niektóre urzędy celne próbują argumentować, że o zwrot akcyzy może się ubiegać wyłącznie podmiot, który dokonał czynności opodatkowanej, natomiast pośrednik, który nabył wyroby akcyzowe zawierające już w cenie kwotę akcyzy naliczonej i zapłaconej przez producenta w prawidłowej wysokości, nie jest traktowany jako podatnik, a w rezultacie nie ma prawa do ubiegania się o zwrot akcyzy w przypadku wewnątrzwspólnotowej dostawy takich wyrobów. Na szczęście kwestię tę rozstrzygnął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (wyrok z 2 sierpnia 2006 r., III SA/Wa 992/2006), który uznał, że rozporządzenie poprzez zawężenie określonego w ustawie kręgu podmiotów uprawnionych do zwrotu akcyzy jest niezgodny z ustawą o podatku akcyzowym oraz art. 92 i 217 konstytucji.
Kolejny problem związany jest z dokumentami gromadzonymi dla potrzeb uzyskania zwrotu akcyzy. W myśl przepisów rozporządzenia w celu uzyskania zwrotu należy przedstawić m.in. dokumenty potwierdzające zapłatę akcyzy lub jej zabezpieczenie w państwie przeznaczenia wyrobów akcyzowych zharmonizowanych. W praktyce spełnienie tego wymogu okazuje się nadzwyczaj trudne. Przede wszystkim przepisy nie wskazują, jakiego rodzaju dokument należy zdobyć w celu wykazania zapłaty lub zabezpieczenia akcyzy w państwie przeznaczenia wyrobów, w szczególności nie wiadomo, czy wystarczy potwierdzenie dokonania przelewu podatku akcyzowego przez odbiorcę na konto właściwych władz celnych kraju przeznaczenia, czy też konieczne jest również przedstawienie deklaracji podatkowej odbiorcy.