Do momentu przedawnienia urząd może zeznanie sprawdzać i przeprowadzać kontrole. Bywa, że w rezultacie zeznanie trzeba zweryfikować. Jeśli podatnik nie zgodzi się na dobrowolną korektę, to urzędnik może wszcząć postępowanie podatkowe.
Okres przedawnienia wynosi pięć lat, licząc od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku (art. 70 ordynacji podatkowej - dalej op). W wypadku podatku od dochodów osobistych termin płatności za dany rok upływa ostatniego dnia kwietnia roku następnego. Z tego wynika, że zeznanie za 2006 r. może być weryfikowane do końca 2012 r.
Otrzymanie zwrotu nadpłaty podatku w wysokości w nim wykazanej ani nawet przeprowadzenie przez urząd skarbowy tzw. czynności sprawdzających nie daje jeszcze pewności, że zeznanie jest prawidłowe.
Zawarte w ordynacji podatkowej zasady weryfikacji zeznań i deklaracji dotyczą wszystkich podatków. Jeśli chodzi o dochody osobiste, to obowiązują bez względu na ich rodzaj (z pracy, z działalności gospodarczej, z renty i emerytury itd.), formę opodatkowania (na zasadach ogólnych, ryczałt), jeżeli tylko podatnik jest obowiązany złożyć zeznanie.
Od 2005 r. urząd skarbowy ma prawo do samodzielnego korygowania zeznań i deklaracji podatkowych w wypadku oczywistych pomyłek i błędów, a także w razie wypełnienia formularzy niezgodnie z wymaganiami. Ogranicza to sytuacje, w których podatnik jest wzywany do urzędu w celu wyeliminowania takich błędów i pomyłek. Wcześniej wszelkie korekty musiał nanosić osobiście podatnik.
Sprawa jest ważna, bo np. około 20 proc. zeznań dotyczących podatku dochodowego od osób fizycznych zawiera błędy. Najczęściej formalne i rachunkowe. Dotyczą prostych działań arytmetycznych, zaokrąglania wartości, przeniesienia kwot z innych pozycji. Weryfikacja zeznań i deklaracji w tym zakresie zwykle jest bezsporna i nie budzi większych zastrzeżeń podatników.
W zależności od charakteru uchybień urząd może sam dokonać stosownych poprawek albo zwrócić się do podatnika o skorygowanie deklaracji czy zeznania oraz złożenie stosownych wyjaśnień. Obowiązany jest przy tym wskazać, dlaczego informacje zawarte w deklaracji (zeznaniu) budzą wątpliwości.
Urząd może sam skorygować zeznanie, jeśli skutki finansowe uchybień, tj. zmiana wysokości podatku, kwoty nadpłaty, kwoty zwrotu podatku lub wysokości straty, nie przekraczają tysiąca złotych. Jeśli są wyższe, to musi zwrócić się o dokonanie korekty do tego, kto dokument złożył. Tak urząd powinien postąpić także wtedy, gdy liczba i rodzaj błędów nie pozwala urzędnikowi na wprowadzenie czytelnej korekty i konieczne jest złożenie deklaracji na nowym formularzu.
W razie samodzielnego skorygowania deklaracji urząd musi przesłać podatnikowi uwierzytelnioną kopię poprawionego dokumentu. Jednocześnie musi wysłać mu informację o zmianie wysokości podatku, nadpłaty, zwrotu podatku lub wysokości starty albo powiadomienie, że korekta nie pociągnęła za sobą takich zmian. Taka korekta jest możliwa zarówno wtedy, gdy składający pomylił się na niekorzyść fiskusa, jak i wtedy, gdy była to pomyłka na własną niekorzyść, czyli powodująca, że zapłacony został zawyżony podatek.
Składający zeznanie czy deklarację może nie zgodzić się z korektą, w której chce go wyręczyć przedstawiciel fiskusa. W takim wypadku powinien w terminie 14 dni od daty doręczenia mu uwierzytelnionej kopii korekty wnieść sprzeciw do urzędu. Taki sprzeciw anuluje korektę. Jeśli z tego prawa podatnik czy płatnik nie skorzysta, korekta urzędu jest obowiązująca. Oznaczać to może np. konieczność dopłacenia odpowiedniej kwoty, ewentualnie z odsetkami za zwłokę.
Opisana procedura dotyczy również deklaracji składanych przez płatników i inkasentów, a także - załączników do deklaracji, chyba że odrębne przepisy stanowią inaczej.
Podatnik ma oczywiście prawo do skorygowania deklaracji podatkowej albo zeznania z własnej inicjatywy, gdy podatek został zaniżony albo zawyżony, ale też gdy korekta nie wpływała na wysokość podatku. To samo dotyczy płatników i inkasentów. Prawo do korekty zeznania czy innej deklaracji podatkowej zostaje zawieszone na czas postępowania podatkowego i kontroli podatkowej, ale tylko w zakresie objętym tym postępowaniem lub kontrolą. Zakres ten jest określony w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli.
Prawo do korekty odzyskuje się bezpośrednio po zakończeniu kontroli. Niestety, nie dotyczy to podatku od towarów i usług, co w art. 81b op wyraźnie zaznaczono.
Jeśli zeznanie czy deklarację skoryguje urząd skarbowy, to trzymiesięczny termin zwrotu nadpłaty liczy się od dnia upływu terminu na wniesienie sprzeciwu. Jeśli skoryguje ją podatnik - termin ten liczy się od dnia złożenia korekty.
W art. 274a op przyznano wyraźnie organowi podatkowemu prawo żądania wyjaśnień dotyczących przyczyn niezłożenia zeznania czy innej deklaracji i prawo wezwania do jej złożenia, jeżeli deklaracja nie została złożona mimo takiego obowiązku.
Jeśli urząd ma wątpliwości co do poprawności deklaracji (zeznania), to może wezwać podatnika, płatnika lub inkasenta do złożenia w wyznaczonym terminie niezbędnych wyjaśnień lub uzupełnienia deklaracji. Musi jednocześnie wskazać przyczyny podania w wątpliwość rzetelności danych.
W ramach czynności sprawdzających przedstawiciele fiskusa mają też możliwość przeprowadzenia oględzin mieszkania lub jego części. Mogą tak uczynić - za zgodą podatnika - jeżeli jest to niezbędne do zweryfikowania "zgodności stanu faktycznego z danymi wynikającymi ze złożonej przez podatnika deklaracji oraz z innych dokumentów potwierdzających poniesienie wydatków na cele mieszkaniowe", a także do zweryfikowania prawa do wykorzystanych ulg inwestycyjnych (art. 276 op). W praktyce ta możliwość jest wykorzystywana sporadycznie, zwłaszcza że ulgi mieszkaniowe są systematycznie likwidowane.
Jeżeli podatnik się zgodzi na lustrację mieszkania, a w niektórych sytuacjach może to leżeć w jego interesie, pracownik organu podatkowego w porozumieniu z nim ustala termin oględzin. Podpisaną przez podatnika adnotację musi umieścić w aktach sprawy. Z oględzin musi być sporządzony protokół.
W ramach czynności sprawdzających podjętych w związku z korzystaniem przez podatnika z ulg urząd skarbowy może też zwrócić się o informacje do banków, domów maklerskich oraz towarzystw funduszy powierniczych. Wszystkie te instytucje finansowe są obowiązane do sporządzania i przekazywania informacji o zdarzeniach stanowiących podstawę do skorzystania przez podatnika z ulg podatkowych (np. z ulgi na oszczędzanie w kasie mieszkaniowej), jeżeli zostały wykazane w złożonej deklaracji.
Mimo przeprowadzenia czynności sprawdzających urząd może wszcząć postępowanie podatkowe i wydać decyzję określającą podatek dochodowy należny za dany rok, dopóki zobowiązanie podatkowe za dany rok się nie przedawni. Czynności sprawdzające nie wyłączają też przeprowadzenia kontroli podatkowej u podatnika. Ta możliwość w praktyce odnosi się przede wszystkim do prowadzących działalność gospodarczą. Prawo weryfikacji zeznania podatkowego, jeżeli nie została wydana decyzja określająca podatek za dany rok, potwierdził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 12 stycznia 1999 r. (III SA 2903/97). Nie ma przepisu, który by zakazywał urzędowi skarbowemu podejmować czynności sprawdzające ponownie albo ponownie przeprowadzać kontrolę podatkową dotyczącą podatku należnego za dany rok. W praktyce takie sytuacje się zdarzają. Sprawdzanie deklaracji czy przeprowadzanie kontroli podatkowych na raty i kilkakrotne wzywanie podatnika do składania wyjaśnień dotyczących tego samego zeznania może jednak budzić wątpliwości z uwagi na zasadę zaufania obywateli do państwa wywodzącą się z zasady państwa prawnego.
- sprawdzeniu terminowości składania deklaracji oraz wpłacania zadeklarowanych podatków (w tym również pobieranych przez płatników oraz inkasentów),
- sprawdzeniu formalnej prawidłowości tych dokumentów,
- ustaleniu stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami. Tego rodzaju czynności należą do organów podatkowych pierwszej instancji: urzędu skarbowego, wójta, burmistrza, prezydenta, gdy chodzi o tzw. podatki samorządowe. Wyjątek, przewidziany w art. 272a, dotyczy wymiany z państwami członkowskim UE informacji na podstawie przepisów o podatku od towarów i usług. Czynności sprawdzające w tym zakresie należą do ministra finansów lub upoważnionego organu podatkowego, do którego składane są dokumenty dotyczące VAT.
Takie kontrole mogą być podejmowane w związku z prowadzonym w stosunku do podatnika postępowaniem podatkowym lub kontrolnym. Przedstawicielom fiskusa wolno żądać od jego kontrahentów przedstawienia dokumentów wiążących się z zakresem kontroli prowadzonej u podatnika w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności. W praktyce chodzi głównie o okazanie faktur wystawionych przez kontrahenta podatnikowi lub otrzymanych przez niego i okazania odpowiednich ewidencji księgowych.