Przede wszystkim jest to technika czasochłonna i kosztowna, ze względu na potrzebę konfiguracji lub zaprojektowania systemu pod potrzeby procedur, które musi wykonać audytor. Inną barierą, która może okazać się nie do przeskoczenia przy wykorzystywaniu CAATs, jest opór klientów przy współpracy oraz dostarczanie przez zleceniodawców plików danych, które mogą być z łatwością przetwarzane i agregowane. Dochodzi do tego jeszcze potencjalna niezgodność z systemem komputerowym klienta.

Problem może leżeć nie tylko po stronie systemów bądź klienta, ale także po stronie samych badających. Zespół badający może nie mieć wystarczającej wiedzy informatycznej oraz umiejętności do tworzenia złożonych narzędzi analitycznych. Problemem może być też mało wykwalifikowana kadra, która bez odpowiednich szkoleń może mieć problemy ze zrozumieniem wyników CAATs.

Niemniej jednak, wspomagane komputerowo techniki audytu mają więcej zalet niż wad. Do najważniejszych korzyści należy zaliczyć niezależny dostęp do danych przechowywanych w systemie komputerowym bez uzależnienia od klienta oraz testowanie niezawodności oprogramowania klienckiego, czyli kontroli aplikacji IT. Dzięki osiągniętym wynikom prac przy pomocy CAATs możemy oceniać ryzyko kontroli i projektować dalsze prace w zależności od osiągniętych wyników testów kontroli. To wszystko zmierza przede wszystkim do zwiększenia dokładności badań kontrolnych zespołu audytorskiego, które mają przekładać się na bardziej efektywne wykonywanie badania, co w dłuższej perspektywie spowoduje bardziej opłacalny dla firm audytorskich proces audytu.

Tomasz Diering, menedżer w Dziale Rewizji Finansowej BDO, biuro w Poznaniu