Izba Skarbowa w Katowicach w interpretacji z 12 września 2013 r. (IBPP2/443-546/13/KO) uznała, że: „przepis art. 87 ust. 6 pkt 1 ustawy, w sytuacji, gdy podatnik chce skorzystać z uprawnienia ?w nim wskazanego, nakazuje bezwzględnie dokonać zapłaty za dokonane zakupy gotówką bądź przelewem za pośrednictwem rachunku bankowego. ?W żadnym miejscu wskazany przepis nie odnosi się do możliwości regulowania należności w drodze potrącenia (kompensaty) wzajemnych wierzytelności. Tym samym wnioskodawca, chcąc skorzystać z tego uprawnienia szczególnego, tzn. otrzymać zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym ?w terminie 25 dni, jest zobowiązany dokonać zapłaty gotówką lub przelewem za faktury dotyczące transakcji poniżej ?15 000 euro oraz wyłącznie przelewem z rachunku bankowego w odniesieniu do transakcji udokumentowanych fakturami, gdy należność przekracza kwotę ?15 000 euro, o której mowa w art. 22 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. (...). Należy ?w tym miejscu zwrócić uwagę, iż przymus dokonania rozliczeń ?w opisanej sytuacji za pośrednictwem rachunku bankowego jednocześnie wyklucza przeprowadzenie tego rodzaju transakcji w formie potrącenia. (...). ?W świetle powyższych regulacji prawnych oraz odnosząc się do opisu sprawy, należy stwierdzić, że wnioskodawca, składając wniosek o wcześniejszy zwrot, w sytuacji, gdy kwoty podatku naliczonego wykazane w deklaracjach wynikają z faktur dokumentujących transakcje, zostały uregulowane poprzez potrącenie wzajemnych wierzytelności (kompensatę) – nie będzie uprawniony do zwrotu różnicy podatku VAT (wynikającego z tych faktur) w terminie 25 dni od dnia złożenia rozliczenia".
Analogicznie wypowiedziała się Izba Skarbowa w Warszawie ?w interpretacji z 9 listopada 2012 r. (IPPP2/443-724/12-4/DG).
Zdania są podzielone
Oznacza to, że organy podatkowe mogą zakwestionować firmie prawo do szybszego zwrotu VAT, gdy zapłata nastąpi poprzez kompensatę wzajemnych należności.
Jednak wcześniej fiskus prezentował pogląd przychylny podatnikom. Przykładowo w interpretacji z 9 sierpnia 2010 r. (ILPP1/443-565/10-2/BD) Izba Skarbowa w Poznaniu stwierdziła, że: „Wartość 15 000 euro, o jakiej mowa w art. 22 ust. 1 pkt 2 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, stanowi granicę zapłaty w formie gotówkowej i za pośrednictwem rachunku bankowego, ?a równocześnie nie ma żadnego wpływu na możliwość dokonywania wzajemnych kompensat wierzytelności. Gdyby zamiarem ustawodawcy było wprowadzenie obowiązku regulowania wszystkich należności tylko ?i wyłącznie za pośrednictwem rachunku bankowego w formie przepływów pieniężnych, to zostałoby to zastrzeżone bezpośrednio w przepisie. (...). Podatnik który złoży wniosek o wcześniejszy zwrot, w sytuacji, gdy kwoty podatku naliczonego wykazane w deklaracji wynikają z faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone wystawcy faktury przelewami bankowymi oraz poprzez potrącenie wzajemnych wierzytelności (kompensatę) – będzie uprawniony do zwrotu różnicy podatku VAT w terminie 25 dni od dnia złożenia rozliczenia".
Takie stanowisko zajęła również Izba Skarbowa w Bydgoszczy ?w interpretacji z 27 grudnia 2007 r. (ITPP2/443-129/07/EŁ) oraz Izba Skarbowa w Warszawie w interpretacji z 3 czerwca 2009 r. (IPPP1-443-236/09-4/JL).