Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną jednego z instytutów badawczych, który wystąpił o interpretacje obowiązków płatnika.

Placówka zawarła z wojewodą jako instytucją pośredniczącą umowy w sprawie realizacji projektów dofinansowanych ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Po pewnym czasie instytucja pośrednicząca poprosiła o wyjaśnienie, dlaczego część wynagrodzenia pracowników bezpośrednio zaangażowanych w realizację projektu nie jest objęta PIT. Instytut odpowiedział, że  podatek dochodowy od osób fizycznych bezpośrednio zaangażowanych w realizację projektu został naliczony z uwzględnieniem zwolnienia z art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT.

Przepisy o preferencjach w podatkach interpretuje się ściśle

Wojewoda odmówił zatwierdzenia jako kwalifikowanych wydatków na płace dla pracowników beneficjenta. Jego zdaniem ich dochody nie mogą korzystać z tego zwolnienia. W tych okolicznościach instytut postanowił wystąpić o interpretację. Sam uważał, że wynagrodzenia pracowników sfinansowane ze środków pomocowych korzystają z preferencji, ponieważ realizują oni bezpośrednio cel projektu.

Odpowiedź fiskusa okazała się niekorzystna dla instytutu. W jego ocenie dla zastosowania zwolnienia z art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT istotne są dwie kwestie. Pierwsza z nich to źródła finansowania, czyli to, czy kwoty pochodzą ze środków pomocowych. Druga  kwestia dotyczy tego, czy działalność podatnika służy bezpośrednio celowi programu.

Odnosząc się do drugiego warunku, fiskus wyjaśnił, że zwolnione z podatku mogą być jedynie wynagrodzenia za czynności i prace o charakterze merytorycznym, czyli związanym bezpośrednio z realizacją celu programu pomocowego. Preferencji nie podlegają wynagrodzenia osób zaangażowanych jedynie pośrednio w realizację projektu, poprzez wykonywanie czynności i prac o charakterze technicznym, organizacyjnym i pomocniczym.

Instytut zaskarżył tę interpretację do sądu, ale przegrał. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku uznał, że nie ma możliwości zastosowania zwolnienia do dochodów osób fizycznych, którym podatnik realizujący program zlecił wykonanie określonych czynności w ramach realizowanego przedsięwzięcia. Przy czym nie ma znaczenia, czy miało to miejsce na podstawie umowy o pracę, czy też w oparciu o inną umowę cywilnoprawną, np. o dzieło czy zlecenia.

Ostatecznie stanowisko niekorzystne dla pracowników instytutu potwierdził też sąd kasacyjny.  Jak wyjaśniła sędzia NSA Aleksandra Wrzesińska-Nowacka, w przypadku pracowników nie można mówić o bezpośredniej realizacji celu. Sąd kasacyjny nie miał wątpliwości, że zwolnienie przysługuje wyłącznie osobom, które w całości realizują projekt i ponoszą za to odpowiedzialność.

W spornej sprawie pracownicy instytutu realizowali tylko powierzoną im część programu i za to ponosili odpowiedzialność. Za całość projektu odpowiadał zaś instytut. Wyrok jest prawomocny.

sygnatura akt: II FSK 2788/11