Zgodnie z 199a § 3 ordynacji podatkowej, jeżeli z dowodów zgromadzonych w toku postępowania, w szczególności zeznań strony (chyba że ta odmawia składania zeznań), wynikają wątpliwości co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa, z którym związane są skutki podatkowe, organ podatkowy występuje do sądu powszechnego o ustalenie istnienia lub nieistnienia tego stosunku prawnego lub prawa.

Spełnienie wszystkich wskazanych w powołanym przepisie przesłanek obliguje organ podatkowy do wystąpienia ze powództwem, którego formalnoprawną podstawą jest art. 1891 kodeksu postępowania cywilnego (dalej k.p.c.).

Przepis ten mówi, że uprawnienie, o którym mowa w  art. 189 k.p.c., przysługuje również, w toku prowadzonego postępowania, organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej, jeżeli ustalenie istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa jest niezbędne dla oceny skutków podatkowych.

Art. 189 k.p.c. stanowi, że powód może żądać ustalenia przez sąd istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa, gdy ma w tym interes prawny. Powództwo może mieć charakter pozytywny (o stwierdzenie istnienia stosunku prawnego lub prawa), bądź negatywny (o stwierdzenie nieistnienia stosunku prawnego lub prawa).

Instytucja sądowego ustalenia istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa z powództwa organu podatkowego służy prawidłowemu ustaleniu zdarzeń cywilnoprawnych i jest konsekwencją włączenia tych zdarzeń do podatkowego stanu faktycznego.

Przedmiotem powództwa nie mogą być natomiast stosunki publicznoprawne, które nie zostały objęte kognicją sądów powszechnych, w tym ocena podatkowego stanu faktycznego pod kątem zastosowania przepisów prawa podatkowego.

W procesie tym organ podatkowy albo organ kontroli skarbowej nie dochodzi żadnych roszczeń od podatnika, ale domaga się jedynie dokonania przez sąd ustaleń. Z powództwem na podstawie art. 189

1

k.p.c. może wystąpić tylko w toku prowadzonego postępowania podatkowego powiązanego bezpośrednio z czynnością prawną będącą przedmiotem sporu sądowego, jeżeli jest to niezbędne dla oceny jej skutków podatkowych.

Wystąpienie przez organ podatkowy do sądu z powództwem na podstawie art. 1891 k.p.c. powoduje zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z dniem wniesienia żądania ustalenia przez sąd powszechny istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa (art. 70 § 6 pkt 3 op).

Termin przedawnienia biegnie dalej dopiero od dnia następującego po dniu uprawomocnienia się orzeczenia sądu powszechnego w sprawie ustalenia istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa (art. 70 § 7 pkt 3 op). Takie stanowisko zajął WSA w Krakowie w wyroku z 19 lipca 2011 r. (I SA/Kr 989/11).

Wbrew pozorom podatnicy często liczą, że organ podatkowy zastosuje art. 199a § 3 op i spór o kwalifikację umowy rozstrzygnie sąd cywilny. Zdarza się, że domagają się zastosowania tego przepisu przez organ podatkowy. W wyroku z 7 lipca 2008 r. (I SA/Gl 123/08) WSA w Gliwicach odniósł się do tego typu żądań:

„Przesłanką natomiast wystąpienia do sądu powszechnego (art. 199a § 3 op) jest stwierdzenie wątpliwości co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa, z którym związane są skutki podatkowe. O tym, czy w konkretnej sprawie wystąpiła przesłanka wystąpienia do sądu, czyli pojawiły się „wątpliwości”, decyduje organ podatkowy.

W rozpatrywanej sprawie – poza sporem – pozostają okoliczności faktyczne związane z realizacją spornej umowy”. Z powództwem do sądu powszechnego, z którym związane są skutki podatkowe, nie może więc wystąpić podatnik. -