Organ podatkowy odmówił powołania drugiego biegłego oraz weryfikacji zarzutów podatnika, że wycena wartości nieruchomości na potrzeby ustalenia prawidłowej kwoty podatku dochodowego powinna oprócz opinii biegłego uwzględnić zapisy umowy przedwstępnej.
Ta przewidywała wysoką karę umowną w przypadku zmiany ceny nieruchomości przez sprzedawcę. Z uwagi na nieuwzględnienie przez organ podatkowy zapisów umowy przedwstępnej istnieje możliwość uchylenia decyzji przez sąd administracyjny.
Prawa podatnika
Konsekwencją ustawowego nakazu powołania biegłego w razie zaniżenia wartości nieruchomości albo prawa majątkowego przez podatnika jest jedynie to, że jego opinia stanowi obligatoryjny dowód w trwającym postępowaniu (taki, który musi być uwzględniony). Natomiast podatnik ma prawo w postępowaniu podatkowym podważyć moc dowodową opinii, wskazując na dowody przeciwne.
Przyjęcie przez organy podatkowe założenia, że opinia biegłego ustalającego wartość nieruchomości jest niepodważalna, prowadzi do następujących sytuacji. Kiedy podatnik na podstawie art. 188 op zgłasza wniosek o przeprowadzenie dowodu mającego na celu ponowne ustalenie wartości nieruchomości, to w odpowiedzi organ podatkowy stwierdza, że wartość ta jest wystarczająco stwierdzona innym dowodem i nie ma potrzeby ponownego jej ustalania. I to często, pomimo poważnych argumentów za tym, że pierwsza opinia biegłego budzi wątpliwości.
Chętniej organy podatkowe zgadzają się na doprecyzowanie opinii biegłego poprzez jego przesłuchanie. W czasie przesłuchania biegły może przekazać szereg informacji o założeniach, jakie przyjął przy wycenie nieruchomości oraz zastosowanej metodzie. Przyczynia się to często do wyjaśnienia sposobu określenia wartości rynkowej jako podstawy opodatkowania. Nie zmienia jednak sytuacji podatnika próbującego podważyć opinię biegłego innymi dowodami.
Nieprawidłowe domniemanie
Niekiedy organom podatkowym można postawić zarzut przyjęcia domniemania zaniżenia przez podatnika ceny zbywanej nieruchomości. W praktyce sporów o wartość nieruchomości albo innych praw powoduje to przerzucenie na podatnika konieczności wykazania, że cena w akcie notarialnym nie jest zaniżona. W aktach sprawy brakuje wtedy z reguły ustaleń, w jaki sposób organ podatkowy stwierdził, jeszcze przed powołaniem biegłego, że cena ta znacznie odbiega od wartości rynkowej nieruchomości.