Termin ten liczy się od dnia doręczenia protokołu. To w nim udokumentowany zostaje przebieg kontroli.
„Cel sporządzenia protokołu to utrwalenie danych dotyczących działalności kontrolowanego w celu ich wykorzystania do ewentualnego zweryfikowania przez organ kontroli deklarowanych zobowiązań podatkowych – w zależności od ustaleń kontroli – w drodze wydania decyzji wymiarowej bądź ograniczenia się do sporządzenia wyniku kontroli” – wynika z postanowienia Naczelnego Sądu Administracyjnego z 6 sierpnia 2010 (II FSK 1504/10).
Dokument o konkretnej treści
Protokół powinien zawierać określoną treść. Jaką, mówi art. 290 § 2 ordynacji podatkowej (dalej op). Zgodnie z tym przepisem powinno w nim znaleźć się wskazanie kontrolowanego i osób kontrolujących.
Protokół powinien również określać przedmiot i zakres kontroli, miejsce i czas jej przeprowadzenia, opis dokonanych ustaleń faktycznych i dokumentację dotyczącą przeprowadzonych dowodów.
Bardzo ważnymi elementami protokołu są ocena prawna sprawy będącej przedmiotem kontroli oraz pouczenie o prawie złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz prawie złożenia korekty deklaracji.