Tak wynika z orzecznictwa sądowego. Podkreśla się w nim, że oszacowanie podstawy opodatkowania jest instytucją wyjątkową. Urząd powinien przede wszystkim ustalić ją na podstawie posiadanych przez firmę dokumentów, nawet jeśli część z nich budzi wątpliwości.
W sprawie rozpatrzonej przez NSA w wyroku z 24 lipca 2007 r. (II FSK 974/06) spółka uzyskiwała przychody ze sprzedaży towarów powstałych z materiałów niewiadomego pochodzenia. Wydatki na ich nabycie zaliczała do kosztów uzyskania przychodu. Organy podatkowe to zakwestionowały, ale uznały, że ustalenie dochodu przez oszacowanie nie jest możliwe (akurat w tej sprawie zależało na tym podatnikowi). Sprawa doszła do NSA, który podkreślił, że można oszacować dochód, gdy braki w dokumentacji księgowej uniemożliwiają jego ustalenie. Natomiast w tej sprawie obliczenie dochodu było możliwe, gdyż zapisy dotyczące przychodów i części kosztów, które nie zostały zakwestionowane, były prawidłowe. W uzasadnieniu NSA stwierdził, że zastosowanie oszacowania w tym wypadku mogłoby doprowadzić do zalegalizowania zakupu towarów z nielegalnego źródła.
Według innego wyroku NSA (z 7 czerwca 2005 r., II FSK 12/05) stwierdzenie nierzetelności ksiąg nie powinno automatycznie powodować oszacowania dochodu. Jeżeli dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione uzyskanymi w toku postępowania dowodami, umożliwiają określenie podstawy opodatkowania, organ podatkowy może, a nawet powinien odstąpić od oszacowania.
W podobnym tonie wypowiedział się WSA w Krakowie w wyroku z 3 czerwca 2008 r. (I SA/Kr 45/08). Zdaniem sądu automatyczne stosowanie instytucji szacowania mogłoby prowadzić do nieuzasadnionego uprzywilejowania podatników prowadzących działalność, która nie jest wykazana i rozliczona w dokumentach. Ich podatek od oszacowanego dochodu mógłby bowiem być niższy niż obliczony na podstawie posiadanej dokumentacji. Jak czytamy w wyroku: „uznanie prowadzonej księgi za nierzetelną w części dotyczącej taksatywnie wymienionych kosztów uzyskania przychodów nie powoduje automatycznie obowiązku określenia podstaw opodatkowania w drodze oszacowania. Skoro obliczenie dochodu było możliwe na podstawie posiadanej przez spółkę dokumentacji, to nie było podstaw do jego szacowania”.
Na koniec przypomnijmy, że zgodnie z art. 23 § 1 ordynacji podatkowej urząd określa podstawę opodatkowania w drodze oszacowania, jeżeli:
