Z ustawy o VAT wynika, że faktury wystawione przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do ich wystawiania nie są podstawą do odliczenia podatku naliczonego. W niektórych przypadkach organy podatkowe interpretują ten przepis w ten sposób, że podatnik nie ma prawa do odliczenia VAT naliczonego z faktur wystawionych przez podmiot niezarejestrowany dla celów podatku VAT w Polsce. W rozważanej sytuacji kontrahent wystawił faktury VAT już po zarejestrowaniu się i po uzyskaniu NIP. W konsekwencji, moim zdaniem, art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a) ustawy o VAT nie ma tu zastosowania. Bez znaczenia jest to, że przedmiotowe faktury dokumentują dostawy towarów faktycznie dokonane przed rejestracją. Oznacza to, że firma ma prawo do odliczenia podatku VAT na zasadach ogólnych.
Warto tu wskazać np. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 20 marca 2007 r. (I SA/Wr 1625/06), stwierdzający, że odliczenie podatku przysługuje również z faktur wystawionych przez podmiot niezarejestrowany dla celów VAT, o ile działał on w charakterze podatnika, o którym mowa w art. 15 ustawy o VAT. Ograniczenie prawa do odliczenia podatku naliczonego zawartego w fakturze wystawionej przez podmiot niezarejestrowany nie znajduje bowiem uzasadnienia w przepisach prawa wspólnotowego.
Autorka jest doradcą podatkowym w Ernst&Young sp. z o.o.