W sprawie chodziło o rozliczenie VAT za sierpień 2016 r. Sporne okazało się to, jak fiskus określił spółce nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy. Przy okazji stwierdził bowiem, że transakcja przeniesienia prawa użytkowania wieczystego gruntu oraz prawa własności budynku i budowli, potwierdzona fakturą VAT na ponad 5 mln zł netto, stanowiła zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa. To oznaczało, że była wyłączona z VAT, a podlegała PCC. Problem tylko w tym, że wcześniej fiskus wydał na wniosek spółki interpretację. Potwierdził w niej, że zakwestionowana transakcja była sprzedażą aktywów, która daje spółce prawo do odliczenia VAT. Co więcej, spółka się do niej zastosowała i złożyła wniosek o określenie kwoty zwrotu VAT.