Narodowy Fundusz Zdrowia jest uprawniony do kontrolowania organizacji i sposobu udzielania świadczeń opieki zdrowotnej przez świadczeniodawców (podmioty lecznicze i prowadzących praktyki zawodowe: lekarzy, pielęgniarki i położne), którzy zawarli z nim umowę o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej – w zakresie działalności finansowanej ze środków publicznych.
Po zakończeniu kontroli, stan faktyczny ustalony w jej trakcie jest opisywany w protokole kontroli. Jest to istotny dokument, bo twierdzenia w nim zawarte stanowią podstawę do oceny kontrolowanej działalności, a przez to uzasadniają – w razie wykrycia nieścisłości – nałożenie na świadczeniodawcę sankcji. Są nimi: żądanie zapłaty kary umownej, żądanie zwrotu nienależnego świadczenia oraz rozwiązanie umowy zawartej z NFZ.
Protokół kontroli zawiera ustalenia dokonane przez kontrolerów w postępowaniu kontrolnym. Jego analiza powinna umożliwiać określenie, czy zachowanie świadczeniodawcy jest zgodne z przepisami prawa oraz postanowieniami umowy o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej (m.in. w zakresie: harmonogramu świadczenia usług, wyposażenia pomieszczeń, prowadzenia list osób oczekujących czy spełniania obowiązku informacyjnego).
Protokół kontroli nie zawiera żadnych wniosków co do prawidłowego wykonywania zobowiązań przez świadczeniodawcę, a w konsekwencji również nie określa kar za naruszenie obowiązków. Elementy te występują na dalszym etapie postępowania kontrolnego – w wystąpieniu pokontrolnym, które jest przygotowywane na podstawie treści protokołu kontroli.
Zgodnie z zaleceniami Prezesa NFZ protokół kontroli powinien być sporządzony w sposób uporządkowany, zwięzły i przejrzysty, a ustalenia kontroli w nim wskazane muszą być przedstawione precyzyjnie i logicznie oraz udokumentowane rzetelnymi, stosownymi i racjonalnymi dowodami – w sposób zapewniający niepodważalność ustaleń kontroli. Należy go przedstawić do podpisania osobie uprawnionej do reprezentacji (kierownikowi) świadczeniodawcy najpóźniej ostatniego dnia wskazanego w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli – późniejsze przedstawienie do podpisu jest bezskuteczne, co umożliwia świadczeniodawcy uchylenie się od skutków przeprowadzonej kontroli.