Przedsiębiorcy są zobligowani prowadzić i przechowywać w swojej siedzibie książkę kontroli, a także upoważnienia i protokoły kontroli. Oprócz książki prowadzonej w wersji papierowej (w formie zbioru dokumentów) przedsiębiorca może prowadzić równolegle książkę w formie elektronicznej.
Prawodawca nie narzuca systemu informatycznego, w którym należy prowadzić elektroniczną książkę kontroli, swobodną decyzję pozostawiając w tym zakresie przedsiębiorcy.
Kiedy organ, a kiedy przedsiębiorca
Wpisy w książce kontroli prowadzonej w wersji papierowej dokonywane są przez organ kontroli, za wyjątkiem realizowanego przez przedsiębiorcę wpisu informującego o wykonaniu zaleceń pokontrolnych lub wpisu o ich uchyleniu przez organ kontroli lub jego organ nadrzędny albo sąd administracyjny.
Z kolei w książce kontroli prowadzonej w wersji elektronicznej wpisów oraz aktualizacji danych dokonuje przedsiębiorca. Informacje zawarte w książce kontroli prowadzonej w formie elektronicznej powinny mieć swoje potwierdzenie w dokumentach przechowywanych przez przedsiębiorcę, tj. w książce kontroli prowadzonej w wersji papierowej.
W związku z wątpliwościami w stosowaniu przepisów określających procedury kontroli podatkowej Ministerstwo Finansów w piśmie z 12 sierpnia 2009 r. (PK4/8012/98/ZAP/ 09/703–Obowiązek prowadzenia książki kontroli) przekazało wyjaśnienia ministra gospodarki w tym zakresie, do których stosowania zobowiązano organy podatkowe oraz organy kontroli skarbowej.