W tej sytuacji z powodu sprzeczności ustawy o VAT z prawem unijnym zastosowanie ma art. 17 ust. 6 VI dyrektywy.
Wynika tak z wyroku WSA w Rzeszowie z 13 maja 2008 r. (I SA/Rz 284/08).
Podatnik wystąpił do organów podatkowych z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w VAT za okres od 1 maja 2004 r. do 31 sierpnia 2005 r. (chodziło o zakup paliwa do samochodu kupionego w 2002 r.). Ze świadectwa homologacji wynikało, że jest to samochód ciężarowy. Jednak po 1 maja 2004 r., w związku ze zmianą przepisów, pojazd ten – zdaniem organów podatkowych – nie kwalifikował się już do obniżania podatku należnego.
Z twierdzeniami tymi nie zgodził się podatnik. Uważał, że zachował nabyte przed 1 maja 2004 r. prawo do odliczenia podatku naliczonego w cenie kupowanego paliwa. Powołał się przy tym na przepisy VI dyrektywy VAT. Twierdził, że skoro nowe wyłączenia zawarte w art. 88 ust. 1 pkt 3 oraz art. 86 ust. 3 i 5 ustawy o VAT weszły w życie 1 maja 2004 r., to są one sprzeczne z powołaną dyrektywą.
Organy podatkowe nie zaakceptowały argumentów podatnika. Powołały przy tym orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości dotyczące tego zagadnienia. Ich zdaniem z przepisów ustawy o VAT wynika jednoznacznie, że podatnikowi prawo do obniżenia podatku po 1 maja 2004 r. nie przysługuje. Bezzasadny jest zatem wniosek o stwierdzenie nadpłaty.