W tej sytuacji z powodu sprzeczności ustawy o VAT z prawem unijnym zastosowanie ma art. 17 ust. 6 VI dyrektywy.

Wynika tak z wyroku WSA w Rzeszowie z 13 maja 2008 r. (I SA/Rz 284/08).

Podatnik wystąpił do organów podatkowych z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w VAT za okres od 1 maja 2004 r. do 31 sierpnia 2005 r. (chodziło o zakup paliwa do samochodu kupionego w 2002 r.). Ze świadectwa homologacji wynikało, że jest to samochód ciężarowy. Jednak po 1 maja 2004 r., w związku ze zmianą przepisów, pojazd ten – zdaniem organów podatkowych – nie kwalifikował się już do obniżania podatku należnego.

Z twierdzeniami tymi nie zgodził się podatnik. Uważał, że zachował nabyte przed 1 maja 2004 r. prawo do odliczenia podatku naliczonego w cenie kupowanego paliwa. Powołał się przy tym na przepisy VI dyrektywy VAT. Twierdził, że skoro nowe wyłączenia zawarte w art. 88 ust. 1 pkt 3 oraz art. 86 ust. 3 i 5 ustawy o VAT weszły w życie 1 maja 2004 r., to są one sprzeczne z powołaną dyrektywą.

Organy podatkowe nie zaakceptowały argumentów podatnika. Powołały przy tym orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości dotyczące tego zagadnienia. Ich zdaniem z przepisów ustawy o VAT wynika jednoznacznie, że podatnikowi prawo do obniżenia podatku po 1 maja 2004 r. nie przysługuje. Bezzasadny jest zatem wniosek o stwierdzenie nadpłaty.

Podatnik wniósł skargę do WSA. Sąd przyznał mu rację. Stwierdził, że analiza art. 17 VI dyrektywy VAT skłania do interpretacji, że podatnikowi przysługują uprawnienia nabyte przed dniem akcesji do UE, jeżeli są związane z prowadzoną działalnością gospodarczą. Niewątpliwie paliwo do samochodu używanego do prowadzenia firmy jest związane z działalnością i żadne inne ograniczenia nie mogą tego zmienić, z wyjątkiem tych, które istniały przed przystąpieniem Polski do UE.

Zespół Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte

Wyrok ten kontynuuje linię orzeczniczą zapoczątkowaną przez WSA we Wrocławiu (I SA/Wr 1852/06) oraz WSA w Warszawie (VIII SA/Wa 324/07). Zgodnie z tezami wspomnianych wyroków podatnik, który przed 1 maja 2004 r. nabył prawo do odliczenia VAT od paliwa wykorzystywanego do napędu samochodów z homologacją ciężarową (które po tej dacie w związku ze zmianą przepisów przestały kwalifikować się do kontynuowania odliczania VAT), zachował to uprawnienie również po 1 maja 2004 r. Orzecznictwo polskich sądów administracyjnych zmierza w korzystnym dla podatników kierunku. Sądy słusznie odmawiają zastosowania odpowiednich przepisów ustawy o VAT z 2004 r. ze względu na ich sprzeczność z prawem wspólnotowym.

Sprzeczność ta wynika z tego, że prawo unijne zezwala państwom członkowskim na utrzymanie jedynie ograniczeń obowiązujących w przepisach krajowych w momencie akcesji. Jest to tzw. zasada stand still. Jej celem jest zezwolenie na zachowanie ograniczeń rzeczywiście stosowanych przez władze publiczne danego państwa. Tymczasem polskie przepisy ograniczające prawo do odliczenia zaczęły obowiązywać właśnie 1 maja 2004 r. Nie sposób zatem stwierdzić, że ograniczenie to faktycznie funkcjonowało przed 1 maja 2004 r., skoro w tym właśnie dniu zostało wprowadzone do polskiego porządku prawnego. Mając to na uwadze, zastosowanie powinny znaleźć odpowiednie przepisy VI dyrektywy, które co do zasady uzależniają prawo do odliczenia od związku zakupu z działalnością opodatkowaną podatnika.

Warto również zauważyć, że co do zasady kierunek, w jakim zmierza orzecznictwo polskich sądów administracyjnych, nie jest respektowany przez polskie organy podatkowe. Te wciąż uważają, że podatnikom nie przysługuje prawo do odliczenia od paliwa wykorzystywanego do napędu samochodów, od których przed 1 maja 2004 r. prawo takie przysługiwało. Takie działanie polskich władz skarbowych godzi w zasadę prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych.