Obowiązek podatkowy w PCC powstaje z zasady w momencie dokonania czynności prawnej, ustawodawca wziął jednak pod uwagę okoliczność, że nie zawsze taka czynność osiąga zamierzony cel gospodarczy. Dzieje się tak m.in. wtedy, gdy dana umowa zawarta jest pod warunkiem zawieszającym (np. wydania pozytywnej decyzji w danej sprawie przez organ administracji publicznej). Podatek w chwili zawarcia umowy, kiedy to powstało zobowiązanie podatkowe, był świadczeniem należnym. Ale z powodu wystąpienia zdarzeń niweczących zamierzony cel umowy, konieczny jest jego zwrot.
Inaczej jest z umownym prawem odstąpienia. W tym wypadku następuje unicestwienie danej czynności prawnej ze skutkiem wstecznym, co oznacza, że obowiązek podatkowy nigdy nie zaistniał. Dlatego też nie ma podstaw do powoływania się przez podatnika na art. 11 ustawy o PCC i występowanie o zwrot podatku.
Nie oznacza to jednak, że zapłaconego podatku nie można odzyskać. W razie odstąpienia od umowy podatnik może zwrócić się do urzędu skarbowego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Przypomnijmy, że nadpłatą w rozumieniu art. 72 ordynacji podatkowej jest m.in. kwota nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Jak wspomniałem, w momencie odstąpienia od umowy dochodzi do unicestwienia czynności prawnej z mocą wsteczną. Należy przyjąć zatem fikcję prawną, że obowiązek podatkowy w PCC nigdy nie powstał, bo nie istniał przedmiot opodatkowania (ważna czynność prawna). Taki tok rozumowania przyjął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w wyroku z 10 sierpnia 2004 r. (ISAŁD 1869/03). Dotyczył on co prawda nieważności bezwzględnej czynności prawnej, lecz zawiera argumenty istotne także w wypadku odstąpienia od umowy.
Przy nieważności bezwzględnej (czyli z mocy samego prawa) czynności prawnej - tak jak w razie odstąpienia od umowy - nie wywołuje ona skutków prawnych od samego początku, tj. traktuje się ją tak, jakby w ogóle nie została dokonana. W uzasadnieniu wyroku sąd wyraził pogląd, że podatek zapłacony od bezwzględnie nieważnej czynności cywilnoprawnej - jako nienależnie zapłacony - stanowi nadpłatę, a podatnik może domagać się jej zwrotu w trybie ordynacji podatkowej. Te argumenty można zastosować również w wypadku odstąpienia od umowy. Skutek prawny zarówno przy odstąpieniu od umowy, jak i przy nieważności czynności prawnej jest de facto identyczny.
W momencie odstąpienia od umowy zapłacony podatek stał się nienależny. Podatnik może zatem wystąpić do urzędu skarbowego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w ciągu pięciu lat, licząc od końca roku, w którym zawarto umowę. Wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty należy również złożyć skorygowaną deklarację. Jeżeli prawidłowość skorygowanej deklaracji nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydania decyzji - w ciągu dwóch miesięcy od złożenia wniosku wraz ze skorygowaną deklaracją. Jeżeli organ podatkowy wyda decyzję stwierdzającą nadpłatę (lub określającą jej wysokość), powinna być zwrócona w terminie 30 dni.
Występując z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, nie można utożsamiać odstąpienia od umowy z niespełnieniem się warunku zawieszającego, pod którym daną umowę zawarto (art. 11 ust. 1 pkt 2 upcc). W tym drugim przypadku należałoby bowiem wnosić o zwrot podatku. Powołanie we wniosku błędnej podstawy prawnej może oznaczać dla podatnika niepotrzebne wydłużenie się oczekiwania na nadpłatę.