Na podstawie art. 291 § 1 o.p. kontrolowany, który nie zgadza się z ustaleniami protokołu, może w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia, wskazując równocześnie stosowne wnioski dowodowe.
Kontrolujący jest obowiązany rozpatrzyć te zastrzeżenia w terminie 14 dni od dnia ich otrzymania i zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia, wskazując w szczególności, które zastrzeżenia nie zostały uwzględnione, wraz z uzasadnieniem faktycznym i prawnym. Kontrolujący może również uwzględnić zastrzeżenia kontrolowanego. Uznaje się przy tym, że stosowna informacja powinna zostać wprost wyrażona w odpowiedzi na zastrzeżenia, gdyż nie ma podstaw do przyjęcia domniemania, że brak odniesienia się przez kontrolującego do określonych zarzutów należy traktować jako działanie równoznaczne z ich uwzględnieniem.