W przypadku, gdy czynności kontrolne są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego, wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia, dla wszczęcia kontroli wystarczające jest okazanie kontrolowanemu legitymacji służbowej (tzw. kontrola na legitymację). W razie jego nieobecności (oraz nieobecności jego reprezentanta oraz pełnomocnika) wystarczające jest okazanie legitymacji służbowej pracownikowi, który może zostać uznany za osobę czynną w lokalu przedsiębiorstwa na podstawie przepisów kodeksu cywilnego lub wszczęcie kontroli w obecności przywołanego świadka, którym powinien być funkcjonariusz publiczny, niebędący jednak pracownikiem organu przeprowadzającego kontrolę (art. 284a § 1 i 1a).
W razie wszczęcia kontroli w tym trybie należy bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie trzech dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli, doręczyć upoważnienie do przeprowadzenia kontroli.
Bardzo istotne jest, aby upoważnienie do przeprowadzenia kontroli było prawidłowe pod względem zarówno formalnym, jak i materialnym. Zgodnie bowiem z art. 283 § 4 o.p. upoważnienie, które nie spełnia ww. wymagań, nie stanowi podstawy do przeprowadzenia kontroli. Ustawodawca wprowadza w tym zakresie swoistą sankcję wobec organu kontroli w postaci uznania braku podstawy do przeprowadzenia kontroli, gdy upoważnienie do przeprowadzenia kontroli nie spełnia ustawowych wymagań. Tym samym prowadzenie kontroli na podstawie wadliwego upoważnienia (niespełniającego wymogów formalnych) może skutkować pozbawieniem mocy dowodowej materiałów zebranych w toku takiej kontroli (za: Dzwonkowski H. (red.) „Ordynacja podatkowa. Komentarz", wyd. 5, 2014 r., dostępny w serwisie informacji prawnej Legalis). Nie będzie miało znaczenia, czy uchybienia te w istotny sposób miały lub mogły mieć wpływ na przebieg czynności kontrolnych oraz czy wpłynęły na pogorszenie sytuacji kontrolowanego (Brolik J., „Ordynacja...").
Przy wszczęciu tzw. kontroli na legitymację kluczowe jest natomiast późniejsze terminowe upoważnienie do przeprowadzenia kontroli. Jest to o tyle ważne, że dokumenty z czynności kontrolnych przeprowadzonych z naruszeniem tego obowiązku nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym (art. 284a § 2 i 3).
Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 19 maja 2010 r. (I FSK 885/09) stwierdził, że: „Posłużenie się przez ustawodawcę w przepisie art. 284(a) § 3 o.p. zwrotem »dokumenty«, a nie »dowody« czy »wszelkie czynności«, świadczy o racjonalnym działaniu ustawodawcy i chęci wyłączenia jedynie dokumentów sporządzonych w trakcie bezprawnie prowadzonej kontroli". Oznacza to, że jedynie dokumenty pozyskane z naruszeniem przepisów o wszczęciu kontroli w ww. trybie nie będą mogły zostać uznane za dowód w ewentualnie wszczętym w przyszłości postępowaniu podatkowym.
