Dodajmy, że wbrew literalnemu brzmieniu przepisów niektóre organy podatkowe zajmują stanowisko korzystne dla podatników i uznają, że w wypadku osób fizycznych opodatkowana jest tylko nadwyżka wartości zwróconego majątku nad wydatkami na jego nabycie w likwidowanej spółce. Jest to bowiem „dochód faktycznie uzyskany” (tak np. Drugi Urząd Skarbowy w Radomiu w interpretacji z 27 kwietnia 2007 r., 1425/034/415/4/2007).
Likwidacja spółki z o.o. wiąże się z obowiązkiem zawiadomienia organów podatkowych o zaprzestaniu działalności. Służy do tego formularz VAT-Z. Nie trzeba natomiast sporządzać spisu z natury, o którym mowa w art. 14 ustawy o VAT. Spółka z o.o. nie ma takiego obowiązku.
Może się okazać, że po likwidacji spółki pozostaje nadwyżka VAT nierozliczona w ostatniej deklaracji. Ponieważ ustaje byt prawny podatnika VAT, organy podatkowe nie mają możliwości jej zwrotu. Nie ma też żadnego przepisu, który by upoważniał do odbioru nadwyżki np. byłych udziałowców. Aby uniknąć tych problemów, należałoby wykazać nadwyżkę do zwrotu w deklaracji VAT-7 przed zaprzestaniem działalności i przed złożeniem VAT-Z. Można też próbować „zbilansować” podatek naliczony z należnym, np. sprzedając majątek spółki w ostatnim miesiącu przed jej rozwiązaniem (o ile oczywiście spółka takim majątkiem dysponuje).
Autorka jest doradcą podatkowym w Kancelarii Doradztwa Podatkowego Iusta
Wspólnicy mogą podzielić majątek pozostały po zaspokojeniu wierzycieli nie wcześniej niż po sześciu miesiącach od daty ogłoszenia o otwarciu likwidacji i wezwaniu wierzycieli. Podział następuje stosownie do posiadanych udziałów, chyba że inaczej postanowiono w umowie