Tworząc system whistleblowingowy w organizacji jedną z kwestii, z którą muszą zmierzyć się osoby odpowiedzialne za jego implementację, są anonimowe zgłoszenia od sygnalistów. Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2019/1937 z 23 października 2019 r. w sprawie ochrony osób zgłaszających naruszenia prawa Unii nie nakłada obowiązku stosowania tego typu zgłoszeń, oddając decyzyjność rządom poszczególnych państw. Z kolei ostatni znany projekt polskiej ustawy wprowadzającej przepisy unijne do krajowego porządku prawnego zakłada, że dopuszczenie anonimowych zgłoszeń o nieprawidłowościach będzie zależało od decyzji każdego podmiotu indywidualnie. Firmy i instytucje zostają więc z pytaniem: czy przyjmować także zgłoszenia anonimowe, czy tylko jawne? która z tych form jest lepsza?