Szczególnej uwagi wymaga jednak prawidłowa realizacja funkcji płatnika, w tym poprawne identyfikowanie zysków zwolnionych z opodatkowania wypłacanych wspólnikom spółki.
Z dniem 1 stycznia 2021 r. spółki komandytowe – podobnie jak niektóre spółki jawne – dołączyły do grona podatników CIT. Ustawodawca dał jednak podatnikom możliwość odroczenia tego terminu na dzień 1 maja 2021 r. Po upływie tego terminu zyski generowane przez spółki komandytowe są zasadniczo opodatkowane dwukrotnie, tj. na bieżąco przez samą spółkę (19 proc./9 proc. CIT) oraz ponownie przy ich transferze do wspólników (19 proc. PIT/CIT).