Kwestia oprocentowania nieterminowego zwrotu VAT dla podmiotów zagranicznych budzi duży opór organów podatkowych. Pierwszą linią sporu było to, czy oprocentowanie w ogóle się należy. Organy podatkowe konsekwentnie prezentowały stanowisko, że przepisy nie przewidywały oprocentowania zwrotów VAT dokonywanych z opóźnieniem (czasem nawet kilkuletnim) i odmawiały wypłaty odsetek. Jednak rację zagranicznym firmom przyznały sądy administracyjne.
Mimo to organy podatkowe w dalszym ciągu rzucają kłody pod nogi zagranicznym podatnikom. Kolejnym spornym elementem jest bowiem sposób, w jaki powinny być kalkulowane odsetki i okres, za jaki się należą. Jak do sprawy podchodzą organy podatkowe? Otóż po wygranym przez nierezydenta sporze sądowym, przyznającym mu oprocentowanie od nieterminowego zwrotu VAT, organy podatkowe kalkulują odsetki tylko za okres, który upłynął od momentu, w którym zwrot podatku VAT powinien nastąpić (tj. sześć miesięcy od złożenia wniosku), do dnia, w którym zwrotu rzeczywiście dokonano.
Czy takie podejście jest prawidłowe? Oczywiście nie. Ordynacja podatkowa w jasny sposób reguluje kwestię oprocentowania nadpłaty i sposobu kalkulacji odsetek. Przepisy te powinny być stosowane także w wypadku oprocentowania nieterminowych zwrotów VAT dla podmiotów zagranicznych.
W pierwszej kolejności należy wskazać, iż dokonując opóźnionego zwrotu podatku, urząd skarbowy powinien go wypłacić razem z należnymi odsetkami. Jeżeli tego nie zrobił, to wypłacił tylko część kwoty należnej podatnikowi. Oznacza to, że od pozostałej, niezwróconej przez organ części zwrotu w dalszym ciągu narastało oprocentowanie. Odsetki będą narastać do momentu rzeczywistego zwrotu pozostałej części przez urząd skarbowy.
Podejście to potwierdził też Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 4 września 2012 r. (sygn. I FSK 937/12).
