Ustawodawca przyznał szczególną moc dowodową księgom podatkowym, do których zalicza się księgi rachunkowe, podatkową księgę przychodów i rozchodów, ewidencje oraz rejestry (do których prowadzenia do celów podatkowych na podstawie przepisów obowiązani są podatnicy, płatnicy lub inkasenci).

Księgi podatkowe to urządzenia ewidencyjne, w których podatnicy mają obowiązek wykazywać zdarzenia gospodarcze mające wpływ na wymiar podatków. Za rzetelne uważane są księgi zawierające wszystkie fakty będące przedmiotem wpisów i to w całości zgodnie z prawdą.

Zapisy muszą odzwierciedlać stan rzeczywisty. Za niewadliwe uważa się księgi podatkowe prowadzone zgodnie z zasadami wynikającymi z odrębnych od ordynacji podatkowej przepisów (np. ustawy o rachunkowości).

Nierzetelność i wadliwość

Zgodnie z art. 193 § 1 ordynacji podatkowej (dalej op), księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Podatnik korzysta więc z domniemania prawdziwości ksiąg, co chroni go przed koniecznością każdorazowego dowodzenia rzetelności informacji w nich zawartych. Odrzucenie księgi jako dowodu wymaga obalenia domniemania ich zgodności z  prawdą, a ciężar tego spoczywa na organie podatkowym.

Organ nie uznaje za dowód ksiąg podatkowych, które są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy. Ordynacja podatkowa nie określa, kiedy księgi są prowadzone prawidłowo. Teoretycznie każdy błąd może pozbawić je statusu dowodu. Organ podatkowy uznaje jednak za dowód księgi podatkowe, które prowadzone są w sposób wadliwy, jeżeli wady nie mają istotnego znaczenia dla sprawy. Art. 193 § 5 op wprost nakazuje takie postępowanie.

Konieczny protokół

Jeżeli jednak organ podatkowy stwierdzi, że księgi podatkowe są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy, to w protokole badania ksiąg określa, za jaki okres i w jakiej części nie uznaje ich za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Strona, w terminie 14 dni od dnia doręczenia protokołu, może wnieść zastrzeżenia do  zawartych w nim ustaleń, przedstawiając jednocześnie dowody, które umożliwią organowi prawidłowe określenie podstawy opodatkowania.

Przy  czym zgodnie z art. 290 § 5 op w protokole kontroli mogą być zawarte również ustalenia dotyczące badania ksiąg w zakresie przewidzianym w art. 193 op. W tym przypadku nie sporządza się odrębnego protokołu badania ksiąg, o którym mowa w art. 193 § 6 op. Dlatego organ podatkowy nie popełnia tu błędu, który podatnik mógłby wykorzystać w procedurze odwoławczej czy wnosząc skargę do sądu.

Nie podważając, nie można pominąć

Tak więc organ podatkowy musi nierzetelność i wadliwość księgi podatkowej udowodnić w postępowaniu według powyższych zasad, a wynik badania zawrzeć w protokole z badania, w którym określi, za jaki okres i w jakiej części nie uznaje ksiąg za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów.

Błąd fiskusa polega na niedotrzymaniu tej procedury. Jeżeli organ podatkowy wymierzy w decyzji wartość podatku VAT w innej wysokości niż wynikająca z ksiąg, a jednocześnie nie przeprowadzi dowodu przeciw ich rzetelności i niewadliwości, decyzja może zostać uchylona przez sąd administracyjny. Tak było w sprawie rozpatrywanej przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z 25 listopada 2011 r. (III SA/Wa 558/11).

W protokole kontroli podatkowej organ wskazał, że kontrolowana księga dostaw za okres objęty kontrolą prowadzona była wadliwie i nierzetelnie, natomiast księga nabyć za okres objęty kontrolą prowadzona była w sposób niewadliwy oraz rzetelnie. Ostatecznie organ uznał, że księgi mogą być uznane za dowód w postępowaniu podatkowym.

Ewidencje zakupów towarów i usług uznane zostały za prawidłowe, a księgi jako takie, za mogące stanowić dowód w postępowaniu podatkowym. W toku postępowania podatkowego nie został sporządzony inny dokument, pozwalający na uznanie w trybie art. 193 op, że księgi skarżącej są wadliwe i nie mogą być uznane za dowód w postępowaniu podatkowym.

Jednocześnie fiskus określił podatek naliczony w wysokości innej, niż wynikająca z tych ewidencji, a w konsekwencji z deklaracji. Sąd stwierdził, że organy podatkowe obu instancji naruszyły art. 193 § 1 op, gdyż nie określiły w trybie art. 193 § 6 op, za jaki okres i w jakiej części nie uznają za dowód w postępowaniu podatkowym ewidencji prowadzonych przez skarżącą dla celów podatku od towarów i usług.

W takiej sytuacji nie mogły poprzez przeprowadzenie innych dowodów (w tym dowodów z akt postępowania karnego, czy też informacji nadesłanych przez inne organy podatkowe) zakwestionować prawidłowości obliczenia przez podatnika podatku na podstawie danych wynikających z powyższych ewidencji.