Problem pojawia się, gdy u podatnika występują zarówno czynności podlegające ustawie o VAT, jak i jej niepodlegające, a naliczony VAT służy obu rodzajom działalności i nie ma możliwości przyporządkowania tego podatku tylko do jednej z nich.
Uchwała NSA dotyczyła wykładni art. 90 ust. 1, 2 i 3 ustawy o VAT na tle art. 173 i 174 dyrektywy 2006/112/WE (poprzednio art. 17 i 19 VI dyrektywy). Zdaniem sądu ustawodawca krajowy świadomie postanowił, aby przy ustalaniu wartości czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku, nie były uwzględniane czynności niepodlegające VAT.
Tym samym, gdy u danego podatnika występuje naliczony VAT dotyczący zarówno działalności opodatkowanej (czyli podlegającej ustawie o VAT), jak i działalności w ogóle niepodlegającej opodatkowaniu (poza zakresem VAT), a nie jest możliwe wyodrębnienie kwot podatku przypisanych do poszczególnych rodzajów działalności, ma on prawo do odliczenia podatku naliczonego w 100 procentach.
Natomiast gdy wystąpi podatek naliczony związany zarówno z czynnościami opodatkowanymi, jak i zwolnionymi (zatem podlegającymi regulacji ustawy o VAT) a także z czynnościami niepodlegającymi ustawie, podatnik stosując odliczenie według tzw. procentowego wskaźnika (proporcji sprzedaży), przy jego obliczaniu pomija czynności niepodlegające VAT.
Przykład
Uczelnia kształci studentów studiów dziennych, wykonuje zatem czynności niepodlegające ustawie o VAT. W ramach programu studiów studenci uprawiają ziemię, a uzyskane płody rolne są sprzedawane. Występują tu więc czynności opodatkowane VAT według stawki 5 proc.