Na tym jednak nie koniec problemów. Miał okazję przekonać się o tym jeden z podatników. W 2002 r. złożył zeznanie PIT-36, wykazując w nim nadpłatę. Nie uzyskał jednak jej zwrotu, bo urząd skarbowy wszczął postępowanie dotyczące określenia zobowiązania podatkowego w PIT za 2001 r. i z niewyjaśnionych powodów prowadził je tak długo, aż nastąpiło przedawnienie zobowiązania podatkowego za 2001 r.
Decyzja wydana już po upływie przedawnienia (na podstawie której podatnikowi wypłacono nadpłatę, jednak niższą niż wykazana przez niego) została uchylona a postępowanie w sprawie umorzone. Podatnik odwołał się do drugiej instancji.
Zdaniem izby skarbowej w rezultacie uchylenia decyzji urzędu skarbowego i umorzenia postępowania podatkowego nastąpił powrót do zeznania podatkowego złożonego przez podatnika, zarówno w zakresie wykazanej tam wysokości nadpłaty, jak również terminu jej zwrotu – określonego w art. 77 § 1 pkt 5 op, czyli trzech miesięcy od dnia złożenia zeznania.
Tyle że w ocenie izby skarbowej wcześniej nastąpił skutek wynikający z art. 80 § 1 op w postaci wygaśnięcia prawa do zwrotu nadpłaty, albowiem wskazany w tym przepisie pięcioletni termin zaczął swój bieg z końcem roku kalendarzowego, w którym upłynął termin zwrotu.
W ocenie fiskusa op wyraźnie odróżnia wniosek o stwierdzenie nadpłaty od wniosku o jej zwrot. Nie przewiduje ona jednak, że prawo do złożenia wniosku o zwrot nadpłaty jest – tak jak prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty – zawieszone w czasie postępowania podatkowego.
Zdaniem izby skarbowej podatnik mógł uchronić się od niekorzystnych dla siebie skutków prawnych, poprzez złożenie wniosku o zwrot nadpłaty. To dlatego że przerywa on bieg terminu wygaśnięcia prawa do zwrotu nadpłaty.