Zdecydował tak WSA w Bydgoszczy w wyroku z 30 lipca 2008 r. (I SA/Bd 249/08).
Spółka wystawiła 30 grudnia 2005 r. faktury korygujące, na których nie było dat potwierdzających ich odbiór przez nabywców. Oświadczyła, że nabywcy odebrali faktury osobiście w dniu wystawienia. W wyniku czynności sprawdzających u kontrahentów ustalono, że na fakturach są daty odbioru w styczniu 2006 r. Urząd określił dla spółki zobowiązanie w VAT oraz ustalił dodatkową sankcję.
W odwołaniu spółka zarzuciła sprzeczność z konstytucją § 16 ust. 4 rozporządzenia ministra finansów z 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od VAT. Z przepisu tego wynika, że potwierdzenie odbioru faktury korygującej stanowi podstawę do obniżenia kwoty podatku należnego w rozliczeniu za miesiąc, w którym sprzedawca otrzymał to potwierdzenie.
Izba skarbowa wskazała, że kwestionowanie zgodności z konstytucją obowiązujących przepisów nie należy do jej kompetencji. Podkreśliła, że w wyroku z 11 grudnia 2007 r. Trybunał Konstytucyjny orzekł niekonstytucyjność § 16 ust. 4 zdanie 2 rozporządzenia w zakresie, w jakim stwierdza, że podatnik może zmniejszyć swój obrót o udzielony rabat dopiero po otrzymaniu od odbiorcy potwierdzenia odbioru faktury korygującej, ale jednocześnie odroczył wejście w życie wyroku.
WSA uchylił zaskarżoną decyzję. Zastanawiał się, jakie znaczenie prawne ma ustalenie przez TK, że przepis, który ma być podstawą oceny legalności zaskarżonego aktu, jest niezgodny z konstytucją, w sytuacji gdy stwierdza się jednocześnie, że traci moc obowiązującą z dniem określonym przez TK. W orzecznictwie NSA utrwalił się pogląd, że w takich wypadkach należy brać pod uwagę przedmiot regulacji objętych niekonstytucyjnością, przyczyny naruszenia, termin utraty mocy obowiązującej przepisu, okoliczności rozpoznawanej przez sąd sprawy i konsekwencje stosowania niekonstytucyjnego przepisu.
