Kontrola podatkowa u podatnika wykazała wiele nieprawidłowości w zakresie rozliczania CIT za 2000 r., w tym zawyżenie kosztów uzyskania przychodu.
Spółka nieprawidłowo zaksięgowała kwoty wynikające z faktur sprzedaży dotyczących prac adaptacyjnych przeprowadzanych w lokalach. W opinii organów podatkowych usługa polegająca na wykonaniu prac adaptacyjnych nie została wykonana, wykonawca nie wskazał bowiem podwykonawców przy jednoczesnym braku własnego zaplecza (pracowników). Oddalono wniosek podatnika o przeprowadzenie dowodu z opinii biegłego na okoliczność oceny charakteru przeprowadzonych prac.
Spółka złożyła odwołanie, zarzucając zgromadzenie niekompletnego materiału dowodowego, co w konsekwencji doprowadziło do bezpodstawnego odmówienia jej prawa zaliczenia do kosztów podatkowych wydatków na prace adaptacyjne. Organy podatkowe podtrzymały swoje stanowisko, a sprawa trafiła do warszawskiego WSA.
Sąd stwierdził, że spór sprowadza się do oceny charakteru wydatku poniesionego przez spółkę. Wydatki na ulepszenie środków trwałych powiększają ich wartość początkową i nie mogą być uznane za koszt uzyskania przychodu, o ile nie zostaną spełnione łącznie dwa warunki. Po pierwsze, ulepszenie musi polegać na przebudowie, rozbudowie, modernizacji, rekonstrukcji i adaptacji (jest to katalog zamknięty). Po drugie, musi ono powodować zwiększenie wartości użytkowej środka trwałego w porównaniu z wartością z dnia przyjęcia danego środka do użycia. Aby uznać konkretny wydatek za poniesiony na ulepszenie środka trwałego, należy zbadać charakter wykonywanych na nim prac.
Sąd dodał, że wadliwe zapisy w księgach nie zwalniają organów podatkowych z obowiązku zbadania, czy wydatek został poniesiony i czy prace zostały wykonane.
Organy powinny przychylić się do wniosku podatnika o przeprowadzenie dowodu z opinii biegłego. Rozwiałoby to wątpliwości, czy były to prace remontowe, czy adaptacyjne. Użyty w art.187 ordynacji podatkowej zwrot "może" nie daje organom podatkowym pełnej swobody przy decydowaniu, czy i kiedy zastosują taki dowód. Organ działa w granicach prawdy obiektywnej, gdyż z niej wypływa obowiązek podjęcia przez niego wszelkich niezbędnych kroków w celu wyjaśnienia okoliczności sprawy.
WSA skupił się na kwestii naruszenia przepisów postępowania, które skutkuje uchyleniem decyzji. Kwestia oceny charakteru wydatków poniesionych przez spółkę i ewentualnego zaliczenia ich do kosztów podatkowych miała znaczenie drugorzędne.
Sąd wskazał, że stan faktyczny nie został w pełni wyjaśniony. Powołując się na ugruntowaną linię orzeczniczą (w tym wyrok NSA z 4 stycznia 2002 r., ISA/Ka 2164/00), stwierdził, że jeżeli strona zgłasza wniosek dowodowy, to na podstawie art. 187 ordynacji podatkowej (op) organ może nie wziąć pod uwagę tego wniosku tylko wtedy, gdy dowód dotyczyłby materii już dostatecznie wyjaśnionej, co w omawianej sprawie nie miało miejsca.
Zgodnie z art. 187 op organ jest zobowiązany do przestrzegania zasady prawdy obiektywnej, z której wypływa dla niego obowiązek podjęcia wszystkich niezbędnych kroków w celu dokładnego wyjaśnienia okoliczności sprawy. Podkreślić należy, że przepis ten nie daje organom podatkowym pełnej swobody przy decydowaniu o zastosowaniu dowodu z opinii biegłego. W szczególności niedopuszczalne jest nieuwzględnienie takiego dowodu, jeżeli miałby się on przyczynić do wyjaśnienia okoliczności sprawy. Postępowanie organów polegające na niedopuszczeniu dowodu z opinii biegłego można uznać za nieprawidłowe również z uwagi na zasadę swobodnej oceny dowodów. Może to być też zakwalifikowane jako naruszenie zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, wyrażonej w art. 121 § 1 op. W praktyce uznaje się, że zaniechanie przez organ administracji podjęcia czynności procesowych zmierzających do zebrania wyczerpującego materiału dowodowego uchybia przepisom postępowania podatkowego. WSA w Warszawie słusznie wskazał nieprawidłowe działanie organów podatkowych, które prowadziło do naruszenia jednej z podstawowych gwarancji procesowych, jaką jest obowiązek dokładnego wyjaśnienia okoliczności sprawy, w szczególności w wyniku przeprowadzenia dowodu.
